Question

在过去的几天里，我的FORTRAN代码中遇到了一个非常奇怪的问题，它代表了一个化学网络解算器。

我有一个文本文件，其中包含以下结构作为模型输入的一部分

! Chemistry Scheme from Lellouch et al. (2012) 
! Modified 13-06-2016. For more info see "Introduccion de quimica en el codigo de transpote vertical 1D II", pp 20-28
1           ! number of reactions. Do not forget to update

! H + H2O --> OH + H2;               R001 
'M1006--0701'           ! Descriptor 
7.5e-16                 ! proportionality constant A, sec^-1, cm^-3  sec^-1, cm^-6 sec^-1 
-1.6                    ! fitting parameter n 
-80.81208               ! Activation energy (KJ/mol) 
' '
' '
'end'

随着越来越多的反应被卷入其中，它们只是被另一个堆叠在另一个旁边，用''分隔，并且“反应次数”的整数用其数字更新。

我一直在使用这种结构一年，它从来没有给我带来任何问题。最近我用＆gt;增加了这样的网络。 50个反应（确切的数字不是很重要，我将解释），然后这个错误显示在我的终端上。

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x7F4C0DB72777
#1  0x7F4C0DB72D7E
#2  0x7F4C0D4C4CAF
#3  0x41D3FB in __subroutines_MOD_klosses
#4  0x44B768 in __iteration_MOD_losses
#5  0x44DEBE in __iteration_MOD_updating
#6  0x44DD60 in __iteration_MOD_solving
#7  0x44E0A1 in __iteration_MOD_iterating
#8  0x4014B7 in MAIN__ at temporalDiffusion1.1v.f:?
Segmentation fault (core dumped)

我在FORTRAN的经验告诉我，存储信息的索引和数组存在问题。自从用于分发化学信息的子程序以来，有一些看似合理的东西是“混乱的”，因为有很多字符串处理，在FORTRAN中我总觉得它有点麻烦。

但是在密集检查代码之后，我发现在一些数组操作之后，索引会突然改变，这不应该包含更大的问题。下面是一个如何在终端上打印索引时奇怪地修改索引的示例

 before :          11          10 M1310--14                          1
 after :          11          10 M1310--14                          1
 ------
 before :          14          10 M1810--16                          0
 after :          14          10 M1810--16                          0

最右边的整数表示将用作另一个数组的索引的数字。因为在FORTRAN中这些整数从1开始，所以我有这个奇怪的错误。接下来，在先前的打印中涉及的代码片段

    print*, "before :", lpTerms(molIndex)%losIndM(i),
 *               molIndex, theDecRates(Mindex)%label,
 *               lpTerms(10)%losIndK(1)
        lpTerms(molIndex)%losTermsM(i,:) =      
 *                        theDecRates(Mindex)%cM(:)*nProfile(:) 
    print*, "after :", lpTerms(molIndex)%losIndM(i),
 *               molIndex, theDecRates(Mindex)%label,
 *               lpTerms(10)%losIndK(1)

如你所见，这是一个基本的乘法，甚至没有涉及突然修改的整数。此外，在错误爬行之前会有一定的迭代次数，所以这不是一个直接的问题。

最奇怪的是，如果化学网络“小”，这完全没被注意到。基本上最后一个陈述并不完全准确，有时候我可以运行51个反应，有些则可以运行50个。删除时的特殊反应似乎不是解决方案。

我使用gfortran编译代码。

这里发生了什么？

非常感谢你，如果你已经阅读了这个问题的结尾！。

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