用cython扩展包装python

Question

我正在尝试构建一个同时使用python和cython模块的软件包。我在构建和安装后遇到导入问题，我不确定如何从构建过程生成的.so文件导入文件。

在构建我的文件夹结构之前看起来像这样

root/
├── c_integrate.c
├── c_integrate.pyx
├── cython_builder.py
├── __init__.py
├── integrator_class.py
├── integrator_modules
│   ├── cython_integrator.py
│   ├── __init__.py
│   ├── integrator.py
│   ├── numba_integrator.py
│   ├── numpy_integrator.py
│   ├── quadratic_error.png
│   ├── report3.txt
│   ├── report4.txt
│   └── report5.txt
├── report6.txt
├── setup.py
└── test
    ├── __init__.py
    └── test_integrator.py

使用python3.5 setup.py build进行构建会在root

中提供此新文件夹

root/build/
├── lib.linux-x86_64-3.5
│   ├── c_integrate.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so
│   ├── integrator_modules
│   │   ├── cython_integrator.py
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── integrator.py
│   │   ├── numba_integrator.py
│   │   └── numpy_integrator.py
│   └── test
│       ├── __init__.py
│       └── test_integrator.py

setup.py文件看起来像这样

from setuptools import setup, Extension, find_packages
import numpy

setup(
    name = "integrator_package",
    author = "foo",
    packages = find_packages(),
    ext_modules = [Extension("c_integrate", ["c_integrate.c"])],
    include_dirs=[numpy.get_include()],
)

我的问题是：如何将.so文件中的函数的import语句写入ìntegrator_class.py中的root以及位于cython_integrator和test_integrator的{​​{1}}在build目录中。附加到sys.path似乎是一个快速而肮脏的解决方案，我不太喜欢。

编辑： 正如评论中指出的那样，我还没有安装包裹。这是因为我不知道要从.so文件导入要写什么

Answer 1

没有特定的顺序：

1. 文件setup.py通常位于项目根目录下面。例如：

   library_name/
       __init__.py
       file1.py
   setup.py
   README
   

2. 然后，构建目录显示在项目的源旁边，而不是项目源。

3. 要在Python中导入文件c_integrate.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so，只需导入＆＃34; c_integrate＆＃34;。其余的命名是自动处理的，因为它只是平台信息。请参阅PEP 3149

4. 有效模块是

   之一
   1. 包含modulename/__init__.py文件
   的目录
   2. 名为modulename.py
   的文件
   3. 名为modulename.PLATFORMINFO.so
   的文件

   当然位于Python路径中。因此，编译的Cython模块不需要__init__.py文件。

   根据您的情况，移动项目目录中的Cython代码并执行相对导入import .c_integrate或完整from integrator_modules import c_integrate，后者仅在您的包是安装

   其中一些信息可以在我关于Cython模块http://pdebuyl.be/blog/2017/cython-module.html

   的博客文章中找到

   我相信这应该让你建立一个合适的包，如果没有，请在下面评论。

   编辑：要完成配置（见下面的评论），海报也

   1. 修复了setup.py文件中的模块路径，以便它是从PYTHONPATH开始的完整模块名称：Extension("integrator_package.integrator_modules.c_integrat‌​or", ["integrator_package/integrator_modules/c_integrator.c"]而不是Extension("c_integrate", ["c_integrate.c"])]
   2. 对模块进行Cython化，构建它并使用相同的Python解释器。

   进一步评论：setup.py文件也可以对文件进行cython化。包含.pyx文件而不是.c文件作为来源。

   cythonize(Extension('integrator_package.integrator_modules.c_integrat‌​or',
             ["integrator_package/integrator_modules/c_integrator.pyx"],
             include_dirs=[numpy.get_include()]))