多个区域存在多个位置

Question

我有一个变体位置文件和一个外显子区域文件。

1   242600263 
12  54757526  
11  45853978

外显子区域文件如下所示。

1:11861218-11861456 MTHFR-001_2
22:44280101-44280243   PNPLA5-201_7

这两个文件大约有100,000行。

现在，我将外显区域文件写入一个字典，使用区域作为键。

循环变量文件时，检查此位置是否位于外显词词典的任何键中。

for i in F1: <- loop through exon file 
    chrpos, exon, check=i
    exondict[chrpos]=exon

for j in F2: <- loop through variant file
    chr=j[0]
    if chr=="11": <- get chr 11 first
        variant=j[1]
        for chrpos in exondict.keys():
            chr, pos= chrpos.split(':')
            start, stop= pos.split('-')
            chr, start, stop
            if int(start)<=int(variant)<=int(stop):
                 newlist=[exondict[chrpos]]+ j
                 W.writerow(newlist)

基本上，我得到了我想要的东西。

只是想知道是否有更优雅的方法来做到这一点。

谢谢！

例如，变体位置是chr11：108164047，其位于11：108164040-108164204 ATM-201_31内。