Question

我有一个基因库文件.gbk，我想从中提取某些基因。我的问题如下：为了处理文件，每个基因座的标题必须是特定格式，并且不在我的文件中。我想解析文件并替换标题如下：

LOCUS       NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....

LOCUS       NODE_2_length_278889_cov_17.85545278889 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....

LOCUS       NODE_3_length_340008_cov_17.855432340008 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....

从NODE开始的字符串对于文件格式约定来说太长了，需要替换它，看起来像这样：

LOCUS       NODE_1_393688 bp   DNA linear
....
LOCUS       NODE_2_278889 bp   DNA linear
....
LOCUS       NODE_3_340008 bp   DNA linear

需要切割的部分不需要相同的长度，因此在字符串的某些位置之间移除所有内容的固定方法是不可行的。我尝试过使用re.compile（）和r.sub（）的不同方法，但到目前为止还没有成功。

任何帮助都将受到高度赞赏。谢谢你的时间！

Answer 1

当您阅读第一行时，您可以阅读字段并规范化“节点”字段，如下所示：

import operator

def normalize_name(name):
    parts = name.split("_")
    return "_".join(operator.itemgetter(0, 1, 3)(parts))

将字段名称拆分为多个部分;你得到一个清单。然后，应用于部分的operator.itemgetter(0, 1, 3)函数将提取索引0,1和3的项目，跳过2。

例如：

for name in [
    "NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688",
    "NODE_2_length_278889_cov_17.85545278889",
    "NODE_3_length_340008_cov_17.855432340008"
    ]:
    print(normalize_name(name))

你得到：

NODE_1_393688
NODE_2_278889
NODE_3_340008

<强>演示

import operator
import textwrap


get_parts = operator.itemgetter(0, 1, 3)


def normalize_name(name):
    parts = name.split("_")
    return "_".join(get_parts(parts))


def normalize_header(header):
    fields = header.split()
    fields[1] = normalize_name(fields[1])
    return "{0:<11} {1} {2:<4} {3} {4}".format(*fields)


content = textwrap.dedent("""\
LOCUS       NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....
""")

for line in content.splitlines():
    if line.startswith("LOCUS"):
        line = normalize_header(line)
    print(line)

解析文件并修改python

1 个答案: