Question

我想在ggplot2 :: ggsave（）中保存stats :: heatmap（）的输出，但输出不是绘图，我收到错误。这是代码：

data("iris")
col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20)

ggsave(filename = "heatmap.png", plot = heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE),device = "png", dpi = 450)

现在，当代码实际工作并将heatmap.png保存在R工作目录中时，它也会返回错误。

在图像中保存3.74 x 8.49 UseMethod（“grid.draw”）出错：没有适用于'grid.draw'的方法应用于类“list”的对象

我认为这是因为heatmap()的输出不是情节，而是一个列表。

由于我在Shiny中使用ggsave()作为 downloadHandler() 的一部分，因此错误会中断下载/保存过程。

感谢您的帮助

Answer 1

ggsave()的语法是

ggsave(filename, plot = last_plot(), device = NULL, path = NULL,
  scale = 1, width = NA, height = NA, units = c("in", "cm", "mm"),
  dpi = 300, limitsize = TRUE, ...)

要存储的绘图必须作为第二个参数传递。为此，您必须能够将绘图分配给变量。这可以通过ggplot()：

创建的图来完成

p <- ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width)) + geom_point()
class(p)
## [1] "gg"     "ggplot"

这段代码没有显示任何情节，但实际上已经在p中存储了一个情节。您只需运行p或print(p)即可进行呈现。

基础绘图功能不同。他们直接创建一个情节作为副作用。因此，即使将输出分配给变量，此代码也会显示该图：

p2 <- heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE)

p2现在是list，而不是情节：

p2
## $rowInd
## [1] 2 1 3 4
## 
## $colInd
## [1] 2 1 3 4
##  
## $Rowv
## NULL
## 
## $Colv
## NULL

因此，将p2传递给ggsave()将无效，因为它实际上并不包含该情节。

但是仍然可以使用图形设备将基础图存储在文件中。

例如，您可以创建一个png - 这样的文件：

png(filename = "heatmap.png")
heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE)
dev.off()

还有其他设备可以类似地使用，例如jpeg()，pdf()和tiff()。

您可以使用downloadHandler()中的设备，如下所示：

output$downloadData <- downloadHandler(
    filename = "heatmap.png",
    content = function(file) {
      png(filename = file)
      col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20)
      heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE)
      dev.off()
    }
  )

Answer 2

只是为了完成@Stibu的全面答案，为了让png（）与Shiny :: downloadHandler（）一起工作：

{img="/path/photo1.jpg" alt="I am Photo Title"}
{img="/path/photo2.jpg" alt="I am Photo Title 2"}

使用heatmap（）作为ggsave（）的绘图输入时出错

2 个答案: