带网络的visNetwork：如何防止节点与边缘重叠

Question

我正在使用visNetwork（用于其动态可视化）来可视化具有47个节点的二分图。

visNetwork(nodes, edges) %>%
     visIgraphLayout(layout = 'layout.davidson.harel')

上面的图片是它当前的样子，它是我们在尝试几个布局后可以想出的最好的（Fruchterman Reingold等）。我遇到的问题是边缘往往太长，所以一些节点对很远。任何人都可以建议一个防止节点与边缘重叠的布局吗？

Answer 1

数据集的大小表明，依靠visNetwork来计算布局坐标可能是可以接受的，而不是通过visIgraphLayout来进行igraph：

visNetwork(nodes, edges) %>%
    visPhysics(solver = "forceAtlas2Based",
               forceAtlas2Based = list(gravitationalConstant = -100))

Layout via visNetwork

为了进行比较，使用igraph绘制了相同的数据：

visNetwork(nodes, edges) %>%
   visIgraphLayout(layout = 'layout.davidson.harel')

Layout via igraph