Question

我在使用pymc3复制pymc2代码时遇到问题。

我认为这是因为pymc3正在使用与我正在使用的numpy操作不兼容的theano类型变量。所以我使用的是@ theano.decorator：

我有这个功能：

with pymc3.Model() as model:

    z_stars         = pymc3.Uniform('z_star',    self.z_min_ssp_limit, self.z_max_ssp_limit)
    Av_stars        = pymc3.Uniform('Av_star',   0.0, 5.00)
    sigma_stars     = pymc3.Uniform('sigma_star',0.0, 5.0)

    #Fit observational wavelength
    ssp_fit_output = self.ssp_fit_theano(z_stars, Av_stars, sigma_stars, 
                                         self.obj_data['obs_wave_resam'], 
                                         self.obj_data['obs_flux_norm_masked'], 
                                         self.obj_data['basesWave_resam'], 
                                         self.obj_data['bases_flux_norm'], 
                                         self.obj_data['int_mask'], 
                                         self.obj_data['normFlux_obs'])

    #Define likelihood
    like = pymc.Normal('ChiSq', mu=ssp_fit_output, 
                       sd=self.obj_data['obs_fluxEr_norm'], 
                       observed=self.obj_data['obs_fluxEr_norm'])

    #Run the sampler
    trace = pymc3.sample(iterations, step=step, start=start_conditions, trace=db)

其中：

@theano.compile.ops.as_op(itypes=[t.dscalar,t.dscalar,t.dscalar,t.dvector,
                                  t.dvector,t.dvector,t.dvector,t.dvector,t.dscalar],
                          otypes=[t.dvector])
def ssp_fit_theano(self, input_z, input_sigma, input_Av, obs_wave, obs_flux_masked, 
                   rest_wave, bases_flux, int_mask, obsFlux_mean):
   ...
   ...

前三个变量是标量（来自pymc3均匀分布）。该剩下的变量是numpy数组，最后一个是float。但是，我得到这个''numpy.ndarray'对象没有属性'type'“错误：

  File "/home/user/anaconda/lib/python2.7/site-packages/theano/gof/op.py", line 615, in __call__
    node = self.make_node(*inputs, **kwargs)
  File "/home/user/anaconda/lib/python2.7/site-packages/theano/gof/op.py", line 963, in make_node
    if not all(inp.type == it for inp, it in zip(inputs, self.itypes)):
  File "/home/user/anaconda/lib/python2.7/site-packages/theano/gof/op.py", line 963, in <genexpr>
    if not all(inp.type == it for inp, it in zip(inputs, self.itypes)):
AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'type'

请欢迎任何正确方向的建议。

Answer 1

当我从pymc2转到pymc3时，我有一堆浪费时间的时间。我认为，问题在于文档非常糟糕。我怀疑他们忽略了文档，因为代码仍在不断发展。 3条评论/建议：

我希望你能在这里使用'@ theano.compile.ops.as_op'找到一些帮助：failure to adapt pymc2 into pymc3或how to fit a method belonging to an instance with pymc3?
'@ theano.compile.ops.as_op'的缺点是您隐式排除了与函数渐变相关的任何分析。要访问渐变，我认为您需要以更复杂的方式定义您的函数how to fit a method belonging to an instance with pymc3?
警告：目前，如果您想在Windows下分发代码，使用theano似乎是一个问题的根源。请参阅build a .exe for Windows from a python 3 script importing theano with pyinstaller，但我不确定这只是个人的笨拙还是真的有问题。我个人不得不放弃theano才能分发我的代码......

声明pymc3的theano变量

1 个答案: