Question

我是MATLAB的新手，我的第一项任务是创建一个火山图。我一直在使用the documentation来了解它并开始使用。

我试图在虚拟值上运行它 -

a=[1 2 3]
b=[4.6 2.7 4.5]
c=[0.05 0.33 0.45]

然后我跑了 -

SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

我的理解是a表示条件1的基因表达值，b表示条件2，c是a中3个数据点的p值列表。 {1}}和b。

但是运行此代码会给我错误 -

Index exceeds matrix dimensions.

Error in mavolcanoplot (line 127)
appdata.effect = X(paramStruct.goodVals) - Y(paramStruct.goodVals);

Error in volc (line 4)
SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

任何人都可以解释我哪里出错了吗？

Answer 1

您遇到了一个问题，因为您正在使用行向量。

在mavolcanoplot函数内部（您可以通过在命令窗口中键入edit mavolcanoplot来查看该文件），有一个用于检查输入的本地函数，称为check_inputdata。

您的数据通过了所有验证检查，然后遇到此部分：

% Here, 'X' and 'Y' are the local names for your inputs 'a' and 'b'
% Below code is directly from mavolcanoplot.m:

% Handle the matrix input. Use its mean values per row
if size(X, 2) > 1
    X = mean(X,2);
end    
if size(Y, 2) > 1
    Y = mean(Y,2);
end

这会减少您对平均值的输入。稍后在main函数（第127行）中遇到错误，其中paramStruct.goodVals是一个3元素数组，现在正在尝试索引1个元素数组并失败！

这基本上是调试和阅读文档的一课，其中说明了

DataX，DataY：如果一个矩阵，每一行是一个基因，每列都是一个样本，计算每个基因的平均表达值

您应该使用其中一种等效方法来创建列向量输入

a=[1 2 3].';       % Using transpose (.') to create a column vector from a row vector
b=[4.6; 2.7; 4.5]; % Creating a column vector using the semi-colon operator to end each row
c=[0.05
   0.33
   0.45];          % Using actual code layout to create a column vector

在MATLAB中创建火山图时出错

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