Question

我在安装和加载rJava时仍然遇到问题。我有R 3.4.1（'单烛'）; Java v 9和mac OS 10.12.6。

我按照列出here列出的所有步骤，其中包括使用终端编辑我的〜/ .profile以包含：

导出JAVA_HOME = $（/ usr / libexec / java_home -v 9）

export PATH = $ JAVA_HOME / bin：$ PATH

进行其他更改以将R连接到“正确”的Java。我跑的时候

sudo R CMD javareconf

但是，我收到一条错误消息：

警告：不推荐使用'JNI_CreateJavaVM' [-Wdeprecated-声明] JNI_CreateJavaVM（0,0,0）; ^ /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers/jni.h:1937:1：注意： 'JNI_CreateJavaVM'已明确标记为已弃用 JNI_CreateJavaVM（JavaVM ** pvm，void ** penv，void * args）; ^ 生成了1个警告。

当我跑步时

R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz

一切顺利，直到我收到错误消息：

检查是否可以编译JNI程序... configure：error：无法编译简单的JNI程序。有关详细信息，请参阅config.log。

确保已安装Java Development Kit并在R中正确注册。如有疑问，请以root身份重新运行“R CMD javareconf”。

错误：包'rJava'

的配置失败

来自上面链接的网站的Michal建议确保'/ usr / libexec / java_home -v 9'“指向”JDK而不是JRE。我不知道该怎么做。当我尝试类似的东西时：

echo $ JAVA_HOME

我明白了：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home

我如何知道这个JDK还是JRE？

由于我的错误消息，我认为我有一个JNI问题，但我不知道如何开始处理这个问题。任何使用Michal教程可能出错的见解都将不胜感激！

P.S。我的原始问题是在R中，试图加载库（rJava）并收到此错误：

错误：'rJava'的包或名称空间加载失败： .onLoad在'rJava'的loadNamespace（）中失败，详情： call：dyn.load（file，DLLpath = DLLpath，...）错误：无法加载共享对象'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so'： dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so,6）：未加载库：@ rpath / libjvm.dylib 参考自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so 原因：未找到图像

Answer 1

您可以执行以下操作来测试Java 9是否为JDK。请执行以下操作：

> git clone https://github.com/mkowsiak/jnicookbook.git
> cd jnicookbook/recipeNo001
> export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9)
> export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
> make
> make test

如果你看到

Hello world!

最后，这意味着您的JDK可以编译JNI代码。现在，如果它工作，这意味着rJava仍然使用不正确的Java安装（例如Apple的一个）。在这种情况下，您需要查看rJava的错误日志，以确保在那里使用的内容。

我希望这对你至少有所帮助。

Answer 2

我遵循了这个link，特别是：

管理员帐户用户

在终端发出以下命令：

export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)} 
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

安装工作正常！

rJava，mac 10.12.6和Java v 9（R版本3.4.1）

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