5
0001 -417.031
C 1.04168，-0.05620，-0.07148 1.041682，-0.056200，-0.071481
H 2.15109，-0.05620，-0.07150 2.130894，-0.056202，-0.071496
H 0.67187,0.17923，-1.09059 0.678598,0.174941，-1.072044
H 0.67188,0.70866,0.64196 0.678613,0.694746,0.628980
H 0.67188，-1.05649,0.23421 0.678614，-1.038285,0.228641
8
0002 -711.117
C 0.99571,0.01149，-0.09922 0.995914,0.011511，-0.099221
C 2.51489,0.01148，-0.09922 2.514686,0.011466，-0.099226
H 0.61911,0.74910，-0.83887 0.597259,0.7299877，-0.819596
H 0.61911,0.28325,0.90938 0.597259,0.276170,0.883106
H 0.61909，-0.99785，-0.36818 0.597278，-0.971531，-0.361167
H 2.89151,1.02083,0.16973 2.913322,0.994509,0.162719
H 2.89149，-0.26027，-1.10783 2.913341，-0.253192，-1.081553
H 2.89149，-0.72612,0.64042 2.913341，-0.706900,0.621148
这两个数据点来自化学数据库GDB 13.我试着理解这些数字代表什么。我知道5和8是原子序数; 0001和0002是原子id;和-417.031和711.117是雾化能量。但是，我不太明白这些数字的含义是什么。但是，我很确定它们是三维空间中的几何表示。如果那是三维空间中的几何表示，那么为什么那里有6个数字。如何阅读这6个数字？
我也在尝试使用BOB表示来改造数据，有没有办法做到这一点而不是硬编码？如果没有，我正在使用R，R能够做到吗？
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查看 Int中的原始论文。 J. Quantum Chem。， 2015 ， 115 ，1058-1073（DOI）。
扩展的XYZ格式在本文的图7中进行了解释。
你是对的，第一行表示原子数 k ，而第二行由标识符和特定分子的雾化能量组成。
下一个 k 行包含两组笛卡尔坐标（在Angström中）。左侧块包含来自力场计算（UFF）的 x，y，z 坐标，而右侧的坐标则来自DFT计算。
以Open Babel方式读取和转换各种格式的坐标文件的常用工具。看看 J中的随附论文。化学信息学， 2013 ， 3 ：33（DOI）
Open Babel 存在各种绑定，显然，r也有一个绑定。 Have a look
我刚刚使用Open Babel 2.3.2对Mathias Rupp撰写的论文补充数据中的第一个条目进行了快速测试：
obabel -ixyz c1.xyz -oxyz -O c1a.xyz
显然，只读入左坐标块！如果您怀疑UFF和DFT计算的坐标差异很大，那么您可能是您自己的。但是，鉴于文件格式已记录在案，这不应成为主要问题。
如果你不介意发表评论，你的问题的标题有点误导。有问题的数据只与GDB-13有很大关系。据我所知，Jean-Louis Reymond的GDB文件不包含任何坐标。它们是大型集合SMILES字符串，必须为每个条目生成坐标。