使用散景：如何绘制可变大小的节点和节点颜色？

Question

我正在尝试使用带有 bokeh 12.7 的networkx显示图表

1. 节点大小基于节点度
2. 基于其他节点属性的颜色。

期望的输出：



数据设置

import pandas as pd
import numpy as np
import networkx as nx
import seaborn as sns

from bokeh.io import show, output_notebook  #output_file,
from bokeh.plotting import figure
from bokeh.models.graphs import from_networkx

from bokeh.models import GraphRenderer, StaticLayoutProvider, LinearColorMapper, ColumnDataSource
from bokeh.palettes import Spectral8, Spectral4

G = nx.karate_club_graph()

# Some Random index
node_color = {k:v for k, v  in enumerate(np.random.uniform(low=0, high=21, size=(G.number_of_nodes(),)).round(1))}

# Set node attributes
nx.set_node_attributes(G, 'node_color', node_color)
nx.set_node_attributes(G, 'node_size', G.degree())

尝试使用bokeh与cubehelix_palette

进行图表制作

# Map cubehelix_palette
palette = sns.cubehelix_palette(21)
pal_hex_lst = palette.as_hex()

mapper = LinearColorMapper(palette=pal_hex_lst, low=0, high=21)

# Initiate bokeh plot
plot = figure(title="Resized Node Demo", x_range=(-1.1,1.1), y_range=(-1.1,1.1),
              tools="", toolbar_location=None)

# Graph renderer using nx
graph = from_networkx(G, nx.spring_layout, scale=2, center=(0,0))

# Style node
graph.node_renderer.glyph = Circle(size='node_size', fill_color={'field': 'node_color', 'transform': mapper})


plot.renderers.append(graph)

output_notebook()
#output_file("networkx_graph.html")
show(plot)

出现此错误：Glyph refers to nonexistent column name



我也试过这个：

# 1. Create Plot container
plot = figure(title=endNode, x_range=(-1.1,1.1), y_range=(-1.1,1.1),
              tools="", toolbar_location=None)

# 2. Create graph plot comtainer
graph = GraphRenderer()

node_link_dict = nx.readwrite.json_graph.node_link_data(G)
node_df = pd.DataFrame(node_link_dict['nodes'])

node_cds = ColumnDataSource.from_df(graph_data.node_df)
graph.node_renderer.data_source.data = node_cds


# 3. Set Node Style
graph.node_renderer.glyph = Circle(size='node_size', fill_color='node_color')

有什么想法吗？

Answer 1

我试图根据度数中心性设置节点大小，并且能够使用

进行设置

graph.node_renderer.data_source = source

我可以看到不同的尺寸和颜色（见附图），虽然我找不到以下错误的原因

  

E-1010（CDSVIEW_SOURCE_DOESNT_MATCH）：Glyph渲染器使用的CDSView必须具有与Glyph渲染器的数据源匹配的源：GlyphRenderer（id =＆＃39; 035dd78a-7bff-40d1-8357-d7193222ca02＆＃39 ;，...）

    #just to make the sizes visible
    node_size = {k:5*v for k,v in G.degree().items()} 


### set node attributes
    nx.set_node_attributes(G, 'node_color', node_color)
    nx.set_node_attributes(G, 'node_size', node_size)

    source=ColumnDataSource(pd.DataFrame.from_dict({k:v for k,v in G.nodes(data=True)},orient='index'))
    mapper = LinearColorMapper(palette=pal_hex_lst, low=0, high=21)

### Initiate bokeh plot
    plot = figure(title="Resized Node Demo", x_range=(-1.1,1.1), y_range=(-1.1,1.1),
              tools="", toolbar_location=None)

    # Graph renderer using nx
    graph = from_networkx(G, nx.spring_layout, scale=2, center=(0,0))

    # Style node
    graph.node_renderer.data_source = source
    graph.node_renderer.glyph = Circle(size='node_size', fill_color={'field': 'node_color', 'transform': mapper})


    plot.renderers.append(graph)

Answer 2

正在寻找类似的东西。也许对别人有帮助。

您可以通过更改节点大小的相同方法来进行更改。因此，没有必要使用也会混在一起的熊猫。如果使用错误的方式。

您可以创建一个列表，其中存储了每个节点的颜色。 然后添加颜色信息：

function __construct()
{
    parent::__construct();
    $this->load->library('session');
    if ($this->session->userdata('admin_user')=='' and 
        $this->uri->segment(2) !== 'admin_login'))
        {
            redirect(base_url().'adminpanel04736/admin_login'); 
        }
}

或者，如果您确实要使用节点属性，则可以使用字典来执行此操作： 首先创建所有颜色的列表：

colors = [...]
graph.node_renderer.data_source.data['colors'] = colors
graph.node_renderer.glyph = Circle(size='degrees', fill_color='colors')