从RDA MVA.plot中提取重要值

时间:2017-09-22 14:20:46

标签: r

这里有数据:行中的样本,列中的代谢化合物: Tableau.txt

我运行RDA:

library(vegan)
library(RVAideMemoire)
Tableau = read.table("Tableau.txt", h=T)
Interaction = Tableau$Genotype : Tableau$ETM
RDA = rda(Tableau[,-c(1:4)] ~ Genotype*ETM, data=Tableau)

然后我绘制相关圆圈:

MVA.plot(RDA, "correlations", space=1, points=FALSE, thresh = 0.8, cex=0.6)

Correlation circle

我想提取图表上显示的化合物的名称(M1,M2,M30 ......),因为有些化合物是不可读的,我想为其他阈值做这些。)

你对此有所了解吗?

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