这里有数据:行中的样本,列中的代谢化合物: Tableau.txt
我运行RDA:
library(vegan)
library(RVAideMemoire)
Tableau = read.table("Tableau.txt", h=T)
Interaction = Tableau$Genotype : Tableau$ETM
RDA = rda(Tableau[,-c(1:4)] ~ Genotype*ETM, data=Tableau)
然后我绘制相关圆圈:
MVA.plot(RDA, "correlations", space=1, points=FALSE, thresh = 0.8, cex=0.6)
我想提取图表上显示的化合物的名称(M1,M2,M30 ......),因为有些化合物是不可读的,我想为其他阈值做这些。)
你对此有所了解吗?