Question

我需要和awk脚本比较两个文件制表符分隔的第一列，每次匹配时我需要打印第二个文件，否则我需要第一个文件的所有行

FILE1.TXT

denovo0  bacteria   0.99  
denovo1  bacteria   0.98  
denovo2  bacteria;Firmicutes;clostridium    0.99  
denovo3  bacteria;Firmicutes;bacillus   0.98

file2.txt

denovo0  bacteria;Gammaproteobacteria;pseudomonas   0.99  
denovo1  bacteria;Alphaproteobacteria;Rhizobium     0.98

desired_output.txt

denovo0  bacteria;Gammaproteobacteria;pseudomonas  0.99  
denovo1  bacteria;Alphaproteobacteria;Rhizobium  0.98  
denovo2  bacteria;Firmicutes;clostridium    0.99  
denovo3  bacteria;Firmicutes;bacillus   0.98

Answer 1

此awk适合您：

awk -v OFS='\t' 'NR==FNR{a[$1]=$2; next} $1 in a{$2=a[$1]} 1' file2 file1

denovo0 |bacteria;Gammaproteobacteria;pseudomonas| 0.99
denovo1 |bacteria;Alphaproteobacteria;Rhizobium| 0.98
denovo2 |bacteria;Firmicutes;clostridium|   0.99
denovo3 |bacteria;Firmicutes;bacillus|  0.98

如果您需要表格输出，请将其输送到column -t

awk -v OFS='\t' 'NR==FNR{a[$1]=$2; next} $1 in a{$2=a[$1]} 1' file2 file1 | column -t

denovo0  |bacteria;Gammaproteobacteria;pseudomonas|  0.99
denovo1  |bacteria;Alphaproteobacteria;Rhizobium|    0.98
denovo2  |bacteria;Firmicutes;clostridium|           0.99
denovo3  |bacteria;Firmicutes;bacillus|              0.98

Answer 2

awk 'NR==FNR{a[$1]=$1;b[$1]=$0;next} $1==a[$1]{print $0 ;delete b[$1]}END{for (i in b ) print b[i]}'  file1 file2

<强>解释

NR==FNR{a[$1]=$1;b[$1]=$0;next}：读取file1并将数组a与第一列和b分配，并将该行作为值。

$1==a[$1]{print $0 ;delete b[$1]}：检查a中的值是否与file2的第1列匹配，如果是，则打印file2行并从数组b中删除该行。

END{for (i in b ) print b[i]}：打印数组b中的剩余项目，即file1

的剩余行

awk比较两个文件

2 个答案: