R错误:参数意味着行数不同

时间:2017-09-18 21:43:01

标签: r list dataframe

我有一个包含条目(属/种)的长列表,例如:

Escherichia coli
Bacillus anthracis
Aquiflexum balticum

R中有一个名为myTAI的包,其中包含一个名为taxonomy()的函数。此功能采用单个属/种类组合并吐出一些有用的信息。该函数调用如下:

library(myTAI)
taxonomy(organism = "Escherichia coli", 
         db       = "ncbi",
         output   = "classification")

为了粘贴条目列表(而不是单独进行),我使用了:

my_result <- sapply(my_list, function(a) taxonomy(organism = a, db = "ncbi", output = "classification"))

其中my_list包含很长的属/种类条目列表。

然而,当我尝试使用以下命令将列表转换为.csv文件时,它运行良好:

write.csv(my_list, file = "./some_path/mylist.csv") 

我收到以下错误:

Error in data.frame(`Escherichia\coli` = list(name = c("cellular organisms",  : 
  arguments imply differing number of rows: 9, 8, 1, 10

我猜原因是my_list没有匹配的行/列号。但我不知道如何解决它?我只想将结果导出到tab /逗号分隔的文本文件中,我将能够轻松操作。

提前谢谢你, TP

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