我有一个包含条目(属/种)的长列表,例如:
Escherichia coli
Bacillus anthracis
Aquiflexum balticum
R中有一个名为myTAI
的包,其中包含一个名为taxonomy()
的函数。此功能采用单个属/种类组合并吐出一些有用的信息。该函数调用如下:
library(myTAI)
taxonomy(organism = "Escherichia coli",
db = "ncbi",
output = "classification")
为了粘贴条目列表(而不是单独进行),我使用了:
my_result <- sapply(my_list, function(a) taxonomy(organism = a, db = "ncbi", output = "classification"))
其中my_list
包含很长的属/种类条目列表。
然而,当我尝试使用以下命令将列表转换为.csv文件时,它运行良好:
write.csv(my_list, file = "./some_path/mylist.csv")
我收到以下错误:
Error in data.frame(`Escherichia\coli` = list(name = c("cellular organisms", :
arguments imply differing number of rows: 9, 8, 1, 10
我猜原因是my_list
没有匹配的行/列号。但我不知道如何解决它?我只想将结果导出到tab /逗号分隔的文本文件中,我将能够轻松操作。
提前谢谢你, TP