费舍尔的精确测试

Question

在这篇文章https://stats.stackexchange.com/questions/94909/course-of-action-for-2x2-tables-with-0s-in-cell-and-low-cell-counts中，OP表示他/她的p值为0.5152，同时对以下数据进行了Fisher精确检验：

    Control Cases
  A   8       0
  B  14       0

但我得到p值= 1且优势比= 0的数据。我的R代码是：

a <- matrix(c(8,14,0,0),2,2)

(res <- fisher.test(a))

我在哪里做错了？

Answer 1

下午好：）

https://en.wikipedia.org/wiki/Fisher%27s_exact_test

Haven在一段时间内没有使用过这些，但我假设你的两列是0：

p = choose(14, 14) * choose(8, 8)/ choose(22, 22)

是1.0。有关比值比，请在此处阅读：https://en.wikipedia.org/wiki/Odds_ratio

0是分子或分母。我认为这是有道理的，因为0列的实际意味着你有一个没有观察的小组。

Answer 2

您会得到奇怪的p值= 1和OR = 0，因为您的一个或多个计数为0。它不应该由卡方方程计算，通过乘积，卡普尔方程的乘积值分别为0细胞： Chi square equation, cell-by-cell。

相反，您应该使用 Fisher的精确测试（“ fisher.test（）”），该测试在某种程度上可以纠正非常低的单元格计数（通常，只要有至少20％的细胞计数<5）。来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23894860使用卡方分析需要您使用 Yates校正（例如：chisq.test（矩阵，正确= T））进行校正。