使用多线程在R中运行shell脚本

Question

我想用命令system（）在R中运行一个shell脚本（NCBI中的BLAST +），但是即使我在shell脚本中设置多个线程，它似乎只使用一个线程。在这种情况下，我该怎么做才能使用多个线程？

代码是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")

如何在R中使用16个内核运行？谢谢！

Answer 1

并行：

library(parallel)
ncore = 4

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)