如何安装和使用github代码进行下一代测序数据分析？

Question

来自VIP README.md文件：

安装

在计算机上安装VIP的步骤如下：

> git clone https://github.com/keylabivdc/VIP

> cd VIP

> cd installer

> chmod 755 *

> sudo sh dependency_installer.sh

> sudo sh db_installer.sh -r [PATH]/[TO]/[DATABASE]

我能够做到这一点，我不知道如何做其余的步骤。

用法

Create default config file.
    VIP.sh -z -i <NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r <reference_path>

    Please do not include any path information for the NGS file.

    For example, Good for VIP.sh -z -i test.fq
                 Bad for VIP.sh -z -i [PATH]/test.fq

Run VIP with the config file:
    VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile>

Run VIP with verification mode
    VIP.sh -i <NGSfile> -v

Answer 1

似乎是真正的迂回方式来运行程序，但可行。

您需要以他们指定的格式编写配置文件，这似乎只是您要运行的命令。例如：

<强>的config.txt

VIP.sh -z -i <name_of_NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r /path/to/your/reference/genome

-p是使用的测序机器（454，Ion Torrent，您的标准Illumina运行），-f是输入文件格式，-r（推测）是参考基因组用于FASTA格式。

然后使用以下命令运行程序：

VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile>

其中-c是配置文件的路径，-i是NGS文件的路径。

令人困惑的部分是，它似乎不想在配置文件中输入输入文件的路径，只是它的名称。我认为这应该有用。