运行三位一体用于从头装配

Question

我在运行rnaseqtrinity时遇到问题，我的命令行在这里：

/home/marziyeh/Software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/
Trinity --seqType fq --max_memory 4G --left /home/marziyeh/Data/RNA-seq\ data/Main\ data/paired_32_L3_1_trimmed.fq.gz paired_33_L3_1_
trimmed.fq.gz --right  paired_32_L3_2_trimmed.fq.gz paired_33_L3_2_trimmed.fq.gz --CPU 2  --output trinity_out_dir_32_32.fq.gz

但发生以下错误：

  

错误，无法找到文件：paired_33_L3_1_trimmed.fq.gz at /home/marziyeh/Software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity line   2429. main :: create_full_path（ARRAY（0x555a78a86df0），1）调用/home/marziyeh/Software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity line   1159

非常感谢你的建议。

Answer 1

看，你的 <nav> <div class="nav nav-tabs" id="nav-tab" role="tablist"> <a class="nav-item nav-link active" id="nav-text-tab" data-toggle="tab" href="#nav-text" role="tab" aria-controls="nav-text" aria-selected="true">Text <span class="badge badge-dark">@GetResultCount()</span></a> <a class="nav-item nav-link" id="nav-images-tab" data-toggle="tab" href="#nav-images" role="tab" aria-controls="nav-images" aria-selected="false">Images <span class="badge badge-dark"></span></a> <a class="nav-item nav-link" id="nav-map-tab" data-toggle="tab" href="#nav-map" role="tab" aria-controls="nav-map" aria-selected="false">Map <span class="badge badge-dark"></span></a> </div> </nav> <div class="tab-pane fade active" id="nav-text" role="tabpanel" aria-labelledby="nav-text-tab"> <div class="card"> <div class="card-header">My Results</div> <div class="card-body"> <div class="container" id="MySearchResults"> Results should go here </div> </div> </div> </div> <div class="tab-pane fade" id="nav-images" role="tabpanel" aria-labelledby="nav-images-tab"> <div class="card"> <div class="card-body"> </div> </div> </div> <div class="tab-pane fade" id="nav-map" role="tabpanel" aria-labelledby="nav-map-tab"> <div class="card"> <div class="card-header">Map</div> <div class="card-body"> </div> </div> </div> 的传教士有一个致命的错误。 命令行表示您的读取是配对结束。但是你的左读道路有一些问题 1.您应该使用--left代替\ 2.你的命令不应该有空格，linux中的空格意味着分隔符。