如何在R函数中调用System Command

Question

我想创建一个调用系统命令的R脚本。

我想在R脚本中使用的Linux命令是：

plink --bfile myPlinkBinaryData --recode --out myPlinkTextData

到目前为止，这是我在R文件中的内容：

setwd("/Users/swirlydino/Desktop/OriginalData")
getwd()
system("plink --bfile OriginalData --recode --out myPlinkTextData")

然而，我明白了：

Web-based version check ( --noweb to skip )
Recent cached web-check found...Problem connecting to web

Writing this text to log file [ myPlinkTextData.log ]
Analysis started: Wed Sep  6 14:28:48 2017

Options in effect:
    --bfile OriginalData
    --recode
    --out myPlinkTextData


ERROR: No file [ OriginalData.fam ] exists.

当我运行命令时，plink --bfile OriginalData --recode --out myPlinkTextData，在终端中它工作并创建我需要的两个文件。那么为什么它不能在R脚本中工作呢？

任何帮助都会非常感激：）