我现在正在学习使用Tax4Fun（http://tax4fun.gobics.de/），但我有一些问题。我有Tax4FunProfiles，例如K00001;乙醇脱氢酶[EC：1.1.1.1] .....（文件中有超过10000个读数），以及我在下游分析中可以对输出文件做些什么，可能会与KEEG做一些连接吗？
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我猜你的答案取决于你的研究问题，对吧？您为什么要对您的原核生物社区进行功能性分析，以及您在寻找什么？
根据评论中的代码，您将KO丰度表保存为制表符分隔文件。
您可以使用此文件通过STAMP分析您的宏基因组配置文件，或查找＆＃34; biomarker＆＃34; KO使用LEfSe。
此外，我认为您的基因表包含超过6000个KOs。您还可以使用TAX4FUN预测路径：
KEGG_pathways <- Tax4Fun(df, fctProfiling = FALSE, refProfile = "UProC", shortReadMode = FALSE, normCopyNo = TRUE, folderReferenceData = "~/work/tax4fun_files/R_ressources/SILVA123")
这将导致约300个代谢途径而不是> 6000个KOs。从理论上讲，您也可以使用HUMANN或HUMANN2的KO表来创建代谢途径。