Question

我想检索给定KEGG化合物的InChI表示，但我找不到直接解决方案。

可以通过ChEBI这样做：

from bioservices import *

kegg_con = KEGG()

kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00047'))

chebi_con = ChEBI()

chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI'])

print chebi_entry.smiles
print chebi_entry.inchi
print chebi_entry.inchiKey

将打印

NCCCC[C@H](N)C(O)=O
InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)/t5-/m0/s1
KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N

是否有直接的方式不需要通过ChEBI？

Answer 1

我不知道KEGG服务中允许您直接执行此操作的功能。我相信你的解决方案（使用例如ChEBI）是正确的。您可能还有其他有用的服务，例如unichem，chemspider（您需要登录才能获得该服务）也可以提供帮助。（免责声明：我是生物服务的主要作者）

如何检索KEGG化合物的InChI键？

1 个答案: