docker image testing：找不到文件

Question

我制作了一个码头图像并试图测试它。如果我检查应用程序的版本，图像似乎很好，但如果我给出合法的命令，则无法找到该文件：

| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc --version

FastQC v0.11.4

| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc /Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz

跳过＆＃39; /Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz'哪些不存在，或者无法阅读

我尝试将文件路径放在引号中，但结果相同。我究竟做错了什么？我该如何测试泊坞窗图像？

谢谢！

Answer 1

您正在尝试运行docker镜像并将其传递给主机中的文件，而不是在docker容器内。这不起作用。

事实上，主机和容器的文件系统是分开的（这是Docker的一个很酷的东西）。

如果要按照自己的方式运行命令，则需要在主机和docker容器之间共享卷。尝试运行这样的命令：

docker run -ti -v "/Users/jedi/Documents/raw_data/:/Users/jedi/Documents/raw_data/" us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc "/Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz"

这样您就可以在主机和容器之间共享/Users/jedi/Documents/raw_data/文件夹，命令应该可以正常工作。