Question

我正在尝试提取模式以及打印行的起始字符串。输入

Saureus1000(37 genes,10 taxa):  Saureus08BA02176_00020(Saureus08BA02176) Saureus1269_00069(Saureus1269) Saureus170_00062(Saureus170) Saureus71193_00020(Saureus71193) SaureusED133_00019(SaureusED133) SaureusED98_00019(SaureusED98) SaureusLGA251_00019(SaureusLGA251) SaureusN305_00605(SaureusN305) SaureusRF122_00019(SaureusRF122) SaureusST398_00020(SaureusST398) Saureus08BA02176_01763(Saureus08BA02176) Saureus08BA02176_01805(Saureus08BA02176) Saureus08BA02176_01808(Saureus08BA02176) Saureus1269_01194(Saureus1269) Saureus1269_01237(Saureus1269) Saureus1269_01240(Saureus1269) Saureus71193_01635(Saureus71193) Saureus71193_01678(Saureus71193) Saureus71193_01681(Saureus71193) SaureusED133_01798(SaureusED133) SaureusED133_01840(SaureusED133) SaureusED133_01843(SaureusED133) SaureusED98_01777(SaureusED98) SaureusED98_01821(SaureusED98) SaureusED98_01824(SaureusED98) SaureusLGA251_01748(SaureusLGA251) SaureusLGA251_01790(SaureusLGA251) SaureusLGA251_01793(SaureusLGA251) SaureusN305_00013(SaureusN305) SaureusN305_00016(SaureusN305) SaureusN305_00059(SaureusN305) SaureusRF122_01807(SaureusRF122) SaureusRF122_01848(SaureusRF122) SaureusRF122_01851(SaureusRF122) SaureusST398_01884(SaureusST398) SaureusST398_01927(SaureusST398) SaureusST398_01930(SaureusST398)
Saureus1001(35 genes,12 taxa):  Saureus08BA02176_01441(Saureus08BA02176) Saureus1269_02301(Saureus1269) Saureus1269_02527(Saureus1269) Saureus71193_01310(Saureus71193) SaureusED98_01421(SaureusED98) SaureusED98_01424(SaureusED98) SaureusN305_02184(SaureusN305) SaureusN305_02188(SaureusN305) SaureusN305_02190(SaureusN305) SaureusRF122_01383(SaureusRF122) SaureusRF122_01386(SaureusRF122) SaureusST398_01476(SaureusST398) Saureus08BA02176_01442(Saureus08BA02176) Saureus08BA02176_01443(Saureus08BA02176) Saureus08BA02176_01445(Saureus08BA02176) Saureus1269_02302(Saureus1269) Saureus1269_02529(Saureus1269) Saureus1364_00430(Saureus1364) Saureus170_00571(Saureus170) Saureus170_00574(Saureus170) Saureus302_00352(Saureus302) Saureus302_00556(Saureus302) Saureus71193_01311(Saureus71193) Saureus71193_01312(Saureus71193) Saureus71193_01314(Saureus71193) SaureusED98_01423(SaureusED98) SaureusED98_01426(SaureusED98) SaureusLGA251_01423(SaureusLGA251) SaureusN305_02185(SaureusN305) SaureusN305_02187(SaureusN305) SaureusST398_01477(SaureusST398) SaureusST398_01478(SaureusST398) SaureusST398_01548(SaureusST398) SaureusED133_01465(SaureusED133) Saureus302_01433(Saureus302)

Req.Output

Saureus1000 Saureus08BA02176_00020

我正在使用此代码查找但未获得单行所需的输出

awk '{print $1} {for(i=1;i<=NF;i++){if($i~/^Saureus08BA/){print $i}}}' file > test

此命令的输出

Saureus1000(37
Saureus08BA02176_00020(Saureus08BA02176)
Saureus08BA02176_01763(Saureus08BA02176)
Saureus08BA02176_01805(Saureus08BA02176)
Saureus08BA02176_01808(Saureus08BA02176)
Saureus1001(35
Saureus08BA02176_01441(Saureus08BA02176)
Saureus08BA02176_01442(Saureus08BA02176)
Saureus08BA02176_01443(Saureus08BA02176)
Saureus08BA02176_01445(Saureus08BA02176)

Answer 1

你的问题不明确，基于你的尝试我正在考虑你需要寻找一个字符串Saureus08BA02176并打印第一个字段值和Saureus08BA02176字符串值。

awk -F"[ (]" '/Saureus08BA02176/{print $1,$6}'   Input_file

编辑：根据OP为OP的条件添加解决方案，以便现在检查第一个字段和一个字符串。

awk -F"[ (]" '/^Saureus1000/ && /Saureus08BA02176/{print $1,$6}'   Input_file

Answer 2

GNU awk 解决方案：

awk 'match($0,/^([^(]+)\([^(]+(Saureus08BA[0-9]+_[0-9]+)/,a){ print a[1],a[2] }' file

([^(]+) - 从第一个字段中捕获所需的部分
(Saureus08BA[0-9]+_[0-9]+) - 第二个被捕获的群组包含下一个＆＃34; Saureus ＆＃34;项目

输出：

Saureus1000 Saureus08BA02176_00020
Saureus1001 Saureus08BA02176_01441

如何打印行的第一列以及特定模式？

2 个答案: