如何连接到函数外部的数据库,在函数内部断开连接,然后在R&amp ;;内部重新连接该函数。 RMySQL

时间:2017-08-23 19:41:37

标签: r function database-connection scoping rmysql

我有一个R脚本,它使用连接到Amazon RDS的RMySQL库。该脚本最初在运行该函数之前连接到RDS。在函数内部,查询RDS上的MySQL,然后执行Sys.sleep命令24小时(86400秒),然后恢复。因为Amazon的RDS wait_timeout参数设置为8小时(28800),这导致我的R控制台出现此错误:

Error in .local(conn, statement, ...) :
    could not run statement: MySQL server has gone away

我不能这样做,所以我尝试了以下代码:

duration <- 86400
con <- dbConnect(MySQL(),
       user = passwordFile$user[1],
       password = passwordFile$password[1],
       host = passwordFile$host[1],
       dbname = passwordFile$dbname[1])
query <- function(...) dbGetQuery(con, ...)
testing <- function(){
       test1 <- query("SELECT * FROM a_log")
       print(test1)
       dbDisconnect(con)
       Sys.sleep(duration)
       con <- dbConnect(MySQL(),
              user = passwordFile$user[1],
              password = passwordFile$password[1],
              host = passwordFile$host[1],
              dbname = passwordFile$dbname[1])
       test2 <- query("SELECT * FROM a_log")
       return(test2)
}
temp <- testing()
print(temp)

test1对象打印正常。但是,在尝试打印test2时,我收到以下错误(即使我将持续时间设置为1):

>Error in mysqlQuickSQL(conn, statement, ...) : expired MySQLConnection

是否可以连接到函数外的MySQL server.database,然后在函数内断开连接,然后在函数内重新连接?谢谢!!

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

无法实际尝试此代码,可能的问题是您有两个功能试图管理一个连接。它可以帮助将任务与函数分开:connect_to_amazon创建连接,query返回一个表,testing包装一个进程。

在父环境中使用函数引用值也存在风险,因为这些函数可以在以后更改或不存在。

您可以拥有query或访问亚马逊数据库的任何其他功能,使用connect_to_amazon建立连接,然后on.exit确保在功能完成后关闭它。

connect_to_amazon <- function(password_file) {
  dbConnect(
    MySQL(),
    user     = password_file$user[1],
    password = password_file$password[1],
    host     = password_file$host[1],
    dbname   = password_file$dbname[1]
  )
}

query <- function(..., password_file) {
  amazon_con <- connect_to_amazon(password_file)
  on.exit(dbDisconnect(amazon_con), add = TRUE)
  dbGetQuery(conn = amazon_con, ...)
}

testing <- function(password_file) {
  test1 <- query("SELECT * FROM a_log", password_file = password_file)
  print(test)
  Sys.sleep(duration)
  test2 <- query("SELECT * FROM a_log", password_file = password_file)
  return(test2)
}

如果您需要使用Amazon数据库执行任何其他任务,您可以编写另一个包装函数(例如write_amazon_table(..., password_file)),或者只需调用connect_to_amazon并直接使用该连接。