使用Rgraphviz中的`pos`参数来修复节点位置

Question

根据此问题Automatically curving an arc when it is overlapping with another one，我尝试在pos图中设置RGraphviz属性。

有人可以展示如何正确使用pos属性或建议更强大的解决方法。感谢。

实施例

为了与上述链接问题保持一致，以下示例从包含网格布局中节点的bnlearn图开始。

library(bnlearn)
library(Rgraphviz)
library(igraph)

# Create graph
adj <- matrix(0L, ncol = 9, nrow = 9, dimnames = list(LETTERS[1:9], LETTERS[1:9]))
adj[upper.tri(adj)] <- 1
e <- empty.graph(LETTERS[1:9])
amat(e) <- adj
g <- as.graphNEL(e)

# layout in grid
ig <- igraph.from.graphNEL(g)
lay <- layout.grid(ig)
lay <- setNames(data.frame(norm_coords(lay, -100, 100, -100, 100)), c("x", "y"))

帮助页面?GraphvizAttributes表示pos应设置为

  

节点的位置（对于neato布局，这是节点的初始位置）。使用概念val指定val，其中每个val都是double。

再向下，仅neato属性

  

pin：如果TRUE且节点在输入上有pos属性，则neato会阻止节点从输入位置移动。此属性的默认值为FALSE。

我无法找到应用此参数的正确方法。

我试过的各种事情没有成功

# Passed named list with `x` and `y` positions
# To see the `pos` attribute has not been added you can use `AgNode(z)[[1]]`  
rownames(lay) <- nodes(e)
pos <- lapply(split(lay, rownames(lay)), unlist)
z <- agopen(g, "gg", nodeAttrs=list(pos=pos, 
                                    pin=setNames(rep(TRUE, length(nodes(e))), nodes(e))), 
                                    layoutType="neato")

# Passed as a named character string with coordinates pasted together
lay1 <- do.call(paste, c(lay, sep=","))
pos <- paste(lay1, '!') # also tried with `pos = paste(lay)`
names(pos) <- nodes(e)
z <- agopen(g, "gg", nodeAttrs=list(pos=pos, 
                                    pin=setNames(rep(TRUE, length(nodes(e))), nodes(e))), 
                                    layoutType="neato")

我可以通过此解决方法获得预期的结果，但它不会很强大。

# write out dot file
z <- agopen(g, "gg")
agwrite(z, "so.dot")

#positions
lay1 <- do.call(paste, c(lay, sep=","))
pos <- paste('pos = "', lay1, '!"')

#read in dot
rd <- readLines("so.dot")
id <- sapply(paste0("label=", nodes(e)) , grep, rd)

#add in positions
for(i in seq(id)) {  
  rd[id[i]] <- gsub(names(id)[i], paste(names(id)[i], pos[i], sep="\n"), rd[id[i]])
  }

# output and render
cat(rd, file="so1.dot", sep="\n")
system("neato so1.dot -n -Tpdf -o so.pdf")

给出预期结果