bash：嵌入时读取＆amp;用于文件输入 - 无输出

Question

我有以下文件结构：

db/organism1.fasta
db/organism1.fasta.nhr
db/organism1.fasta.nin
db/organism1.fasta.nsq
db/organism2.fasta
db/organism2.fasta.nhr
db/organism2.fasta.nin
db/organism2.fasta.nsq
sequences/abc123.faa
sequences/def456.faa
numbers.txt

numbers.txt

abc123
def456

现在我想

1. 读取文件numbers.txt的每一行 - 每个数字代表dir sequences
中的文件
2. 从dir *.fasta
中获取每个db文件
3. 做某事（在这种情况下，每个数据库对序列的搜索）
4. 为numbers.txt
中的每一行输出一个文件

这是我的尝试：

while read line
   do for file in db/*.fasta
      do tblastn -db $file -query sequences/$line.faa -evalue 1e-10 -outfmt 7 >>$line_blastn.txt
   done
done<numbers.txt

但是没有写文件。为什么呢？

Answer 1

$line_blastn被视为一个变量。由于该变量从未分配任何值，因此输出文件将只是.txt。以点开头的文件隐藏在Linux和Max OS中，因此您无法看到输出文件。

将... >> "${line}_blastn.txt"写为仅使用line作为变量。