在R中以对数刻度创建箱线图

Question

我试图在R中绘制一个boxplot，其中输入文件有多列，每列有不同的行数。在以下链接的帮助下提供帮助：

boxplot of vectors with different length

我在尝试：

x <- read.csv( 'filename.csv', header = T )
     plot(
       1, 1,
       xlim=c(1,ncol(x)), ylim=range(x[-1,], na.rm=TRUE), 
       xaxt='n', xlab='', ylab=''
       )
       axis(1, labels=colnames(x), at=1:ncol(x))

       for(i in 1:ncol(x)) {
       p <- x[,i]
       boxplot(p, add=T, at=i)
}

我试图以对数比例绘制值。但是定义log =“y”，我收到以下错误：

  

xypolygon中的错误（xx，yy，lty =“blank”，col = boxfill [i]）：     plot.new还没有被调用

以下是我输入的csv数据示例：

A         B        C        D
2345.42   932.19   40.8     26.19
138.48    1074.1   4405.62  4077.16
849.35    0.0      1451.66  1637.39
451.38    146.22   4579.6   5133.14
5749.01   7250.08  12.23    0.09
4125.48   129.46   49.51
440.38    6405.02 

Answer 1

您的数据作为可重现的示例

注意我必须删除一个额外的元素

library(data.table)
df <- fread("A,B,C,D
    2345.42,932.19,40.8,26.19
    138.48,1074.1,4405.62,4077.16
    849.35,0.0,1451.66,1637.39
    451.38,146.22,4579.6,5133.14
    5749.01,7250.08,12.23,0.09
    4125.48,129.46,49.51,440.38", sep=",", header=T)

dplyr和tidyr解决方案

library(dplyr)
library(tidyr)
df1 <- df %>% 
         replace(.==0,NA) %>%               # make 0 into NA
         gather(var,values,A:D) %>%         # convert from wide (4-col) to long (2-col) format
         mutate(values = log10(values))     # log10 transform

如果您需要log2，只需将log10替换为log2

即可

输出

boxplot(values ~ var, df1)

多一点

对于log10比例，我希望将1添加到我的值中以消除自log10(0 < x < 1) = -value以来的负值。由于0和0 + 1 = 1

，这会将您的地图上的最小值设置为log10(1) = 0