Question

我正在运行Ubuntu 16.04 [现在是17.04：参见下面的粗体注释]和R 3.4.1。我今天早上安装了后者，所以我认为这是最新版本。我想安装Tidyverse，我在Windows下度过了很多欢乐时光。但是当我install.packages("tidyverse")时，我收到有关gcc无法识别的命令行选项的错误。当安装命中颜色空间和munsell包时，这些开始。我将在本文结尾处展示一个例子，仅供munsell使用。

我没有找到其他人在Ubuntu 16.04上遇到这个问题。但是来自有类似问题的人的帖子表明我的gcc可能是一个太旧的版本，无法识别选项-fstack-protector-strong和-Wdate-time。

我想到的可能的解决办法：

1）将Ubuntu更新为16.10或17.04，希望其中一个具有合适的gcc。但是，我在这里缺乏Ubuntu的专业知识：特别是，似乎我必须升级两次，一次升级到16.10再升级到17.04。我甚至无法将系统升级到16.10：https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes建议的步骤，“从Ubuntu 16.04 LTS升级”，在我尝试时找不到升级。另外，我不确定这些Ubuntus中是否有正确的gcc。

第二天添加了：虽然我试图通过跟随https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes升级Ubuntu昨天没有做任何事情，但他们今天确实工作了。也许是一个缓存问题？所以我现在有Ubuntu 17.04。但是，在尝试安装Tidyverse时仍然会遇到相同的错误。

2）找到不需要那些编译器选项的旧版Tidyverse。

3）升级我的Ubuntu的gcc。但是我不知道是否会在我的机器上使用其他需要较旧gcc的软件。

4）为Tidyverse安装一个新的gcc，并以某种方式使用路径来欺骗安装程序调用它，可能是遵循https://askubuntu.com/questions/466651/how-do-i-use-the-latest-gcc-on-ubuntu中的建议。但这听起来很冒险。

5）废弃Ubuntu并在Windows上完成我的所有工作。我知道人们嘲笑“Micro $ oft”，但至少在Windows上，我不会浪费一个早晨的Linux arcana并且可以完成我的工作，这就是R.这种感觉太过于像牧师那样咒语{ {3}}，“软件设计：寓言”。只是说...

使用这些版本的R和Ubuntu实际执行此操作的人的任何建议？

这是一个失败的安装：

`> install.packages("munsell")
Installing package into ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘colorspace’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 293433 bytes (286 KB)
==================================================
downloaded 286 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 97244 bytes (94 KB)
==================================================
downloaded 94 KB

* installing *source* package ‘colorspace’ ...
** package ‘colorspace’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c colorspace.c -o colorspace.o
gcc: error: unrecognized command line option '-fstack-protector-strong'
gcc: error: unrecognized command line option '-Wdate-time'
/usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'colorspace.o' failed
make: *** [colorspace.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘colorspace’
* removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘colorspace’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘colorspace’ is not available for package ‘munsell’
* removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/munsell’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘munsell’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpQ8FW70/downloaded_packages’
Warning message:
R graphics engine version 12 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.

Answer 1

在某些情况下，我发现需要安装Ubuntu软件包。为了安装Tidyverse，我添加了

pip install pypiwin32

安装这些软件包后，我可以安装Tidyverse。

Answer 2

基于ubuntu 16.04，我使用基本loki遇到了相同的问题。阅读输出，我发现有一条非常有用的错误消息，看起来像这样

    ------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

因此，我按照每个提示进行操作，安装了所需的deb，该提示出现在

sudo apt-get install libssl-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev

，并且在我尝试安装上面列出的cran软件包之后，又没有添加新存储库的情况下，它奏效了。

Answer 3

我认为尝试安装tidyverse软件包有类似的问题。作为Linux的新手和R的完整新手，我跟随CRAN Project's homepage上的Ubuntu安装说明。当我安装R时，我故意跳过安装r-base-dev软件包，因为它说它是用于“软件包维护者”的。我没有真正阅读后一部分或理解自己编译包的必要性。

无论如何，安装r-base-dev包，并允许我安装Tidyverse包没有问题。让它工作的完整步骤应该如下所示。在终端中执行以下步骤（步骤1-3可能需要也可能不需要，但我已添加它们以防万一）：

在deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu artful/文件中添加/etc/apt/sources.list，替换为您喜欢的CRAN镜像的实际网址。有关CRAN镜像列表，请参阅https://cran.r-project.org/mirrors.html。

将存储库密钥添加到您的系统：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

通过

检索密钥可以使用另一种方法

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

然后用

将其提供给apt-key

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

要安装完整的R系统，请使用

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

然后是我错过的步骤，证明能够在Tidyverse软件包中编译软件包，即安装r-base-dev软件包：
```
sudo apt-get install r-base-dev
```
然后在RStudio中执行包安装命令：
```
install.packages(tidyverse)
```

希望这对你也有用。阅读CRAN Projects主页上的安装指南，了解有关安装过程的更多信息。

如何在Ubuntu 16.04和17.04上安装Tidyverse

3 个答案: