解决。见下文。
我对Python很新，所以请耐心等待。使用atom和flake8真的很吸引我，也是指出错误的好方法，从而帮助我学习。
这种情况的讽刺是，我已经能够在Ubuntu 17.04上运行flake8和氢气，但是Windows（据说更加用户友好）正在杀死我！
linter-flake8总是会抛出有关PATH和CMD.exe的消息。我认为这很好，Py2和Py3都可以从CMD的任何地方调用。
我知道原子说我可以指定一些东西来解决这个问题（对不起，在这里从人类记忆中工作），但是尽管经过数小时的修补和观察，我在Windows 10上没有成功.Ubuntu更容易通过比较（这是一种反直觉）。也许Linux系统只有更多的在线帮助！
没有人能帮忙吗？
感谢。
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我最终通过在线帮助解决了这个问题。我相信我遇到了麻烦，因为我已经安装了原子本身的所有包。
我可能错误地安装了pip包。
无论如何，我删除了所有内容并重新启动。然后是：
http://www.marinamele.com/install-and-configure-atom-editor-for-python
然后，我确保我的环境变量是正确的。我希望Python 3位于顶部。
然后我重新安装了Atom并进行了更新。再次重启。
然后我在命令行中通过pip3和apm安装了所有内容，而不是通过原子编辑器中的UI安装。
启动atom，允许防火墙，让它更新依赖项。
重新启动。成功了！但仍然不确定为什么;据我所知，这次我所做的事情基本上没有什么不同。