Question

尝试从sam文件中获取某个字段，对其进行排序，然后在文件中查找唯一编号的数量。我一直在努力：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt |  
uniq -c sortedfield2.txt

剪切正在努力从第二个字段中提取数字，但是当尝试将数字排序到新文件或同一个文件时，我只是得到一个空白。我已经尝试将管道分成几个部分，但仍然得到相同的错误。我打算使用这三个函数来实现输出计数。

Answer 1

使用

cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c

在原始代码中，您将cut的输出重定向到field2.txt，同时尝试将输出传输到sort。这不起作用（除非你使用tee）。将命令分离为单独的命令（例如，使用;）或不将输出重定向到文件。

同样在下半场，您将输出写入sortedfield2.txt，最终没有任何内容转到stdout，并且没有任何内容被导入uniq。

所以另一种选择可能是：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt

与

相同

cut -f 2 practice.sam > field2.txt 
sort -o field2.txt sortedfield2.txt 
uniq -c sortedfield2.txt

Answer 2

您可以使用此命令：

cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt

在你的代码中是错误的。错误是“没有这样的文件或目录”。因为管道。您可以在此链接中了解如何使用