从pandas数据框中删除“重叠”日期

时间:2017-08-10 14:21:19

标签: python pandas

我有一个如下所示的pandas数据框:

ID  date       close
1   09/15/07   123.45
2   06/01/08   130.13
3   10/25/08   132.01
4   05/13/09   118.34
5   11/07/09   145.99
6   11/15/09   146.73
7   07/03/11   171.10

我想删除任何重叠的行。

重叠行定义为另一行X天内的任何行。例如,如果X = 365,则结果应为:

ID  date       close
1   09/15/07   123.45
3   10/25/08   132.01
5   11/07/09   145.99
7   07/03/11   171.10

如果X = 50,结果应为:

ID  date       close
1   09/15/07   123.45
2   06/01/08   130.13
3   10/25/08   132.01
4   05/13/09   118.34
5   11/07/09   145.99
7   07/03/11   171.10

我在这里看了几个问题,但没有找到正确的方法。例如,Pandas check for overlapping dates in multiple rowsFastest way to eliminate specific dates from pandas dataframe相似,但并不能完全满足我的需求。

我今天有以下丑陋的代码适用于小X值但是当X变大时(例如,当X = 365时),它会删除除原始日期之外的所有日期。

filter_dates = []
for index, row in df.iterrows():
     if observation_time == 'D':
        for i in range(1, observation_period):
            filter_dates.append((index.date() + timedelta(days=i)))
df = df[~df.index.isin(filter_dates)]

任何帮助/指示都将不胜感激!

澄清:

解决方案需要查看每一行,而不仅仅是第一行。

5 个答案:

答案 0 :(得分:3)

您可以添加新列来过滤结果:

df['filter'] = df['date'] - df['date'][0]
df['filter'] = df['filter'].apply(lambda x: x.days)

然后按365过滤使用:

df[df['filter']%365==0]

答案 1 :(得分:2)

我找到了另一个解决方案(如果你想查看旧的,可以查看编辑历史记录)。这是我提出的最佳解决方案。它仍保留第一个连续记录,但可以进行调整以保持记录按时间顺序排列(最后提供)。

target = df.iloc[0]  # Get the first item in the dataframe
day_diff = abs(target.date - df.date)  # Get the differences of all the other dates from the first item
day_diff = day_diff.reset_index().sort_values(['date', 'index'])  # Reset the index and then sort by date and original index so we can maintain the order of the dates
day_diff.columns = ['old_index', 'date']  # rename old index column because of name clash
good_ids = day_diff.groupby(day_diff.date.dt.days // days).first().old_index.values  # Group the dates by range and then get the first item from each group
df.iloc[good_ids]

我再次进行了一些测试,将其与QuickBeam的方法进行比较。使用的DataFrame是随机排序的600,000行和按日期排序的DataFrame,有73,000行:

我的方法:

DataFrame             days           time
600k/random            2             1 loop, best of 3: 5.03 s per loop
ordered                2             1 loop, best of 3: 564 ms per loop


600k/random            50            1 loop, best of 3: 5.17 s per loop
ordered                50            1 loop, best of 3: 583 ms per loo


600k/random            365           1 loop, best of 3: 5.16 s per loop
ordered                365           1 loop, best of 3: 577 ms per loop

QuickBeam的方法:

DataFrame             days           time

600k/random            2             1 loop, best of 3: 52.8 s per loop
ordered                2             1 loop, best of 3: 4.89 s per loop


600k/random            50            1 loop, best of 3: 53 s per loop
ordered                50            1 loop, best of 3: 4.53 s per loop

600k/random            365           1 loop, best of 3: 53.7 s per loop
ordered                365           1 loop, best of 3: 4.49 s per loop

所以是的,也许我是竞争对手......

用于测试的确切函数:

def my_filter(df, days):
    target = df.iloc[0]
    day_diff = abs(target.date - df.date)
    day_diff = day_diff.reset_index().sort_values(['date', 'index'])
    day_diff.columns = ['old_index', 'date']
    good_ids = day_diff.groupby(day_diff.date.dt.days // days).first().old_index.values
    return df.iloc[good_ids]

def quickbeam_filter(df, days):
    filter_ids = [0]
    last_day = df.loc[0, "date"]
    for index, row in df[1:].iterrows():
         if (row["date"] - last_day).days > days:
             filter_ids.append(index)
             last_day = row["date"]
    return df.loc[filter_ids,:]

如果你想获得在某个范围内开始的所有日期,这对我来说更有意义,你可以使用这个版本:

def my_filter(df, days):
    target = df.iloc[0]
    day_diff = abs(target.date - df.date)
    day_diff = day_diff.sort_values('date')
    good_ids = day_diff.groupby(day_diff.date.dt.days // days).first().index.values
    return df.iloc[good_ids]

答案 2 :(得分:1)

我的方法是首先计算距离矩阵

distM = np.array([[np.timedelta64(abs(x-y),'D').astype(int) for y in df.date] for x in df.date])

在你的例子中,这将是这样的

[[   0  260  406  606  784  792 1387]
 [ 260    0  146  346  524  532 1127]
 [ 406  146    0  200  378  386  981]
 [ 606  346  200    0  178  186  781]
 [ 784  524  378  178    0    8  603]
 [ 792  532  386  186    8    0  595]
 [1387 1127  981  781  603  595    0]]

由于向下迭代,我们只关心与顶部三角形的距离,因此我们通过保持顶部并将365的最小值设置为大数M来修改数组{}} ll使用10,000

distM[np.triu(distM) <= 365] = 10000

然后在新的距离矩阵上取argmin,以决定要保留哪些数据帧行。

remove = np.unique(np.argmin(distM,axis=1))
df = df.iloc[remove,:]

一起......

distM = np.array([[np.timedelta64(abs(x-y),'D').astype(int) for y in df.date] for x in df.date])

distM[np.triu(distM)<= 365] = 10000

remove = np.unique(np.argmin(distM,axis=1))

df = df.iloc[remove,:]

答案 3 :(得分:0)

我刚刚使用了一种基本方法(基本上它是OP方法的调整版本),没有花哨的numpy或pandas ops,而是线性而不是二次复杂度(当符合距离矩阵方法时)。
但是(作为Cory Madden),我假设数据是根据日期列进行排序的。 我希望这是正确的:

数据框 - &gt;我在这里使用熊猫索引:

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'date': ["2007-09-15","2008-06-01","2008-10-25",
                            "2009-05-13","2009-11-07", "2009-11-15", "2011-07-03"],
                   'close':[123.45, 130.13, 132.01, 118.34, 
                            145.99, 146.73, 171.10]})
df["date"]=pd.to_datetime(df["date"])

以下代码块可以很容易地在函数中包装并为X = 365编译正确的数据帧索引:

X = 365
filter_ids = [0]
last_day = df.loc[0, "date"]
for index, row in df[1:].iterrows():
     if (row["date"] - last_day).days > X:
         filter_ids.append(index)
         last_day = row["date"]

结果:

print(df.loc[filter_ids,:])
    close       date
0  123.45 2007-09-15
2  132.01 2008-10-25
4  145.99 2009-11-07
6  171.10 2011-07-03

请注意,由于索引从零开始,索引会移动一个。

我只想评论线性与四次复杂性 我的解决方案具有线性时间复杂度,只需查看数据帧的每一行。 Cory maddens解决方案具有二次复杂度:在每次迭代中,访问数据帧的每一行。但是,如果X(日差)很大,我们可能会丢弃大部分数据集,只执行很少的迭代。

为此,可能需要考虑X=2数据集的以下最坏情况:

df = pd.DataFrame({'date':pd.date_range(start='01.01.1900', end='01.01.2100', freq='D')})

在我的机器上,以下代码产生:

%%timeit
X = 2
filter_ids = [0]
last_day = df.loc[0, "date"]
for index, row in df[1:].iterrows():
    if (row["date"] -last_day).days > X:
        filter_ids.append(index)
        last_day = row["date"]
1 loop, best of 3: 7.06 s per loop

day_diffs = abs(df.iloc[0].date - df.date).dt.days
i = 0
days = 2
idx = day_diffs.index[i]
good_ids = {idx}
while True:
    try:
        current_row = day_diffs[idx] 
        day_diffs = day_diffs.iloc[1:]
        records_not_overlapping = (day_diffs - current_row) > days         
        idx = records_not_overlapping[records_not_overlapping == True].index[0] 
        good_ids.add(idx)
except IndexError:  
    break
1 loop, best of 3: 3min 16s per loop

答案 4 :(得分:0)

对于那些寻找适合我的答案的人来说,这是(建立在@ Quickbeam2k1的答案上​​):

X = 50 #or whatever value you want
remove_ids = []
last_day = df.loc[0, "date"]
for index, row in df[1:].iterrows():
    if np.busday_count(last_day, df.loc[index, "date"]) < X: 
        remove_ids.append(index)
    else:
        last_day = df.loc[index, "date"]