如何在R的Optisel包中使用Synbreed包中的模拟对象

Question

我是R的新手，目前正致力于简单的模拟。我正在创建一个谱系结构（数据框）并对其进行编辑以进行一些简单的计算。 我正在使用2个不同的包：

1. Synbreed，模拟谱系数据框
2. Optisel，允许使用谱系结构进行计算

我遇到的问题如下：一旦我用带有synbreed的谱系创建了数据框，我加载了optiSel。在我这样做并尝试使用数据框更改或计算某些内容之后，数据框中的所有值都将消失/变为NA ...

我想用这些函数进行for循环，所以我需要确保它们是兼容的。奇怪的是，当我保存数据框，关闭R并再次导入模拟数据框时，脚本可以正常工作。

这里我有一个简单的脚本：

启动脚本

library(synbreed)

ped.test<-simul.pedigree(generations=10,ids=10,animals=T) #create血统数据框

数据框需要一些小编辑：

ped.test$Par1[ped.test$Par1==0]<-NA
ped.test$Par2[ped.test$Par2==0]<-NA
ped.test$sex[ped.test$sex==1]<-2
ped.test$sex[ped.test$sex==0]<-1

数据框是一个谱系结构：

class(ped.test)

library(optiSel) #Load optiSel包，一切顺利

colnames(ped.test)<-c("Indiv", "Sire", "Dam", "Born", "Sex")

现在我只想更改为列名，甚至不使用optiSel包中的函数，但data.frame值将消失。

ped.test

结束脚本

从optiSel包中我需要以下函数才能工作：

pedig<-prePed(ped.test)

这需要上面显示的更改才能接受谱系结构，但由于新创建的谱系结构为空，它不会起作用。

Answer 1

我尝试重现您使用包synbreed（v.0.12.6）和包optiSel（v.0.9.1）提供的代码。

关键是来自simul.pedigree包的函数synbreed从{{1}返回类"pedigree"和"data.frame"和prePed函数的对象package需要一个类optiSel的对象（try data.frame）。

因此，您可以将?prePed的类重新指定为 一个ped.test：

data.frame