什么是snakemake元数据文件？我什么时候可以删除那些？

Question

我注意到我的备份rsync脚本花了很多时间从.snakemake/metadata个文件夹中复制带有随机名称的内容。

这些文件用于什么？

我可以在蛇形运行完成后安全擦除它们，还是必须让snakemake正确执行下一次运行？

更一般地说，是否有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？

Answer 1

来自this comment by Johannes Koster，Snakemake的创造者：

  

[.snakemake /目录]用于跟踪（a）的值   每个文件的版本关键字，（b）每个文件的规则实现   文件，以便在发生变更时通知用户   使用--summary调用snakemake。

来自Google网上论坛的相关comment：

  

通常，删除整个.snakemake目录是安全的   没有正在运行的Snakemake实例，你确信这一切   现有的输出文件已完成。它只包含数据来源   信息（例如，跟踪代码输入文件或参数更改[以确定是否应重新运行工作流程]）。您   可能想保留.snakemake / conda，因为它包含conda   工作流程中使用的环境。

编辑：要在成功执行管道后自动删除.snakemake/目录，可以使用onssuccess挂钩：

import shutil
onsuccess:
    shutil.rmtree(".snakemake")

Answer 2

现在是旧问题，并没有真正回答...由于您提到rsync，因此可以使用.snakemake选项跳过--exclude目录，例如：

rsync ... --exclude='.snakemake' source/ dest/