Question

我正在目睹一个奇怪的现象，一个R Shiny演示应用程序（“二手空间”）我一起入侵了。它只包含一个填充了一些随机数据的数据表。这是代码：

ui.R：

library(shiny)

shinyUI(fluidPage(
        dataTableOutput("foobar")
    )
)

server.R：

library(shiny)
library(DT)

source("data-generator.R")

data <- randomEntries(100) # function from data-generator.R
shinyServer(function(input, output) {
    cols <- c("First Name", "Last Name", "ID", "Disk Usage")
    output$foobar <- renderDataTable(expr=data, colnames=cols)
})

使用runApp()从RStudio开始时，一切都很完美。

现在我想在Docker容器中运行它。不要犹豫，指出我做错的事情，我刚开始使用Docker，并且获得权限（或至少工作）是非常麻烦的。

Dockerfile：

FROM centos
MAINTAINER Patrick Bucher "patrick.bucher@compa.ny"

RUN ["rpm", "-Uvh", "https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm"]
RUN ["yum", "-y", "install", "R", "wget", "git"]

RUN ["R", "-e", "install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')"]
RUN ["R", "-e", "install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')"]
RUN ["R", "-e", "install.packages('DT', repos='http://cran.rstudio.com/')"]
RUN ["wget", "https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.5.3.838-rh5-x86_64.rpm"]
RUN ["yum", "-y", "install", "--nogpgcheck", "shiny-server-1.5.3.838-rh5-x86_64.rpm"]
RUN ["rm",  "shiny-server-1.5.3.838-rh5-x86_64.rpm"]

RUN ["yum", "clean", "all"]

RUN ["mkdir", "-p", "/srv/shiny-server"]
RUN ["mkdir", "-p", "/var/log/shiny-server"]
RUN ["mkdir", "-p", "/var/lib/shiny-server"]

RUN ["ln", "-fs", "/usr/share/zoneinfo/Europe/Zurich", "/etc/localtime"]

COPY start-shiny /usr/bin/start-shiny

EXPOSE 3838

构建

#!/bin/sh

mkdir -p apps
mkdir -p logs

rm -rf apps/used-space

docker build -t shinysrv

运行：

#!/bin/sh

iptables -I INPUT -p tcp -m tcp --dport 3838 -j ACCEPT

DIRS[0]=/srv/shiny-server
DIRS[1]=/var/log/shiny-server
DIRS[2]=/var/lib/shiny-server

docker run --privileged --name ssrv01 -dit -p 3838:3838 -v `pwd`/apps:${DIRS[0]} -v `pwd`/logs:${DIRS[1]} shinysrv sh

for DIR in ${DIRS[@]}; do
    docker exec --privileged ssrv01 chown -R shiny:shiny $DIR
    docker exec --privileged ssrv01 chmod -R 755 $DIR
done

docker exec --user shiny ssrv01 start-shiny

启动光泽：

#!/bin/sh

git clone https://github.com/patrickbucher/used-space.git /srv/shiny-server/used-space
exec shiny-server 1> /tmp/shiny.out 2> /tmp/shiny.err &

连接：

#!/bin/sh

docker exec --user shiny -it ssrv01 sh

一切正常，服务器即将推出。但是当我去localhost：3838 / used-space时，我看到一个空白页面。现在来了一个有趣的部分：我只需打开shell（./connect）并运行touch /srv/shiny-server/used-space/ui.R，再次加载页面 - 它运行良好。

我的感觉说这与Docker层有关，但我不能指出它的“错误”。有人可以吗？（我尝试了两种配置：一次在Arch Linux主机系统上，一次在CentOS虚拟系统上，使用VirtualBox在Windows 10上托管。行为完全相同。当我touch另一个文件时，说{ {1}}，它无法开始工作。）

Answer 1

我解决了这个问题。 ui.R缺少library(DT)，因此无法构建数据表。 ui.R可能在server.R之前加载，它加载DT库。当我在ui.R上执行touch时，服务器重新加载并重新执行它，现在正确加载了DT库。它现在有效！

闪亮的应用程序仅在触摸Docker容器内的ui.R后才有效

1 个答案: