使用Rstudio服务器在远程服务器中安装重包时崩溃

时间:2017-08-05 12:52:42

标签: r devtools rstudio-server

我一直在尝试使用Rstudio服务器在我的远程服务器上安装Github(~100MB - 300 MB)的一些非常重的软件包,我不断遇到一些崩溃。这些包几乎都是数据集。

我尝试使用此代码执行此操作并获得以下错误。

install.packages("devtools)
devtools::install_github("pbiecek/PISA2009lite")

Downloading GitHub repo pbiecek/PISA2009lite@master
from URL https://api.github.com/repos/pbiecek/PISA2009lite/zipball/master
Installing PISA2009lite
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL  \
  '/tmp/RtmpjQkC7c/devtools37a276ebf56a/pbiecek-PISA2009lite-de1b2af'  \
  --library='/home/cimentadaj/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4' --install-tests 

* installing *source* package ‘PISA2009lite’ ...
** data
*** moving datasets to lazyload DB
Killed
Installation failed: Command failed (137)

实际安装包

any(grepl("PISA2012lite", installed.packages()[, 1]))
[1] TRUE

但是我曾经加载过这个库,好像没有一个数据集可用。我已经在我的本地计算机上长时间使用这些软件包了,所以我确定它不是软件包。服务器有足够的空间来处理包,所以它也不是内存。您可以在下面找到R会话和服务器的规格

R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.2.1      compiler_3.4.1  R6_2.2.2        tools_3.4.1     withr_2.0.0     curl_2.8.1     
 [7] memoise_1.1.0   git2r_0.19.0    digest_0.6.12   devtools_1.13.3

磁盘信息:

Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev            981M     0  981M   0% /dev
tmpfs           201M   21M  180M  11% /run
/dev/vda1        39G  9.1G   30G  24% /
tmpfs          1001M  840K 1000M   1% /dev/shm
tmpfs           5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
tmpfs          1001M     0 1001M   0% /sys/fs/cgroup
/dev/vda15      105M  3.4M  102M   4% /boot/efi
tmpfs           201M     0  201M   0% /run/user/1000

来自Digital Ocean的服务器规格:

2 GB Memory / 40 GB Disk / LON1 - Ubuntu 16.04.3 x64 from

任何帮助都是有用的!

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