Question

我想在图像中检测一些圆圈（像细胞一样的圆圈），然后测量每个圆圈中的绿色（绿色像素的数量？）。

我正在使用以下代码进行this讨论：

from skimage import io, color, measure, draw, img_as_bool
import numpy as np
from scipy import optimize
import matplotlib.pyplot as plt


image = img_as_bool(color.rgb2gray(io.imread('0.06_3a.jpg')))
regions = measure.regionprops(image)
bubble = regions[0]

y0, x0 = bubble.centroid
r = bubble.major_axis_length / 2.

def cost(params):
    x0, y0, r = params
    coords = draw.circle(y0, x0, r, shape=image.shape)
    template = np.zeros_like(image)
    template[coords] = 1
    return -np.sum(template == image)

x0, y0, r = optimize.fmin(cost, (x0, y0, r))

import matplotlib.pyplot as plt

f, ax = plt.subplots()
circle = plt.Circle((x0, y0), r)
ax.imshow(image, cmap='gray', interpolation='nearest')
ax.add_artist(circle)
plt.show()

我收到以下错误：

    /home/mahsa/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skimage/util/dtype.py:118: UserWarning: Possible sign loss when converting negative image of type float64 to positive image of type bool.
  .format(dtypeobj_in, dtypeobj_out))
/home/mahsa/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skimage/util/dtype.py:122: UserWarning: Possible precision loss when converting from float64 to bool
  .format(dtypeobj_in, dtypeobj_out))
Traceback (most recent call last):
  File "img.py", line 28, in <module>
    regions = measure.regionprops(image)
  File "/home/mahsa/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skimage/measure/_regionprops.py", line 539, in regionprops
    raise TypeError('Label image must be of integral type.')
TypeError: Label image must be of integral type.

这个错误意味着什么，我应该怎么做才能解决它？
修复此错误后，如何遍历每个区域中的所有像素以计算绿色像素？

非常感谢您的帮助

Answer 1

此处发生错误：

regions = measure.regionprops(image)

显然regionprops()要求其参数具有整数数据类型。您使用

创建了image

image = img_as_bool(color.rgb2gray(io.imread('0.06_3a.jpg')))

表示image的数据类型为bool。 bool不是np.integer的子类型，因此regionprops会抱怨。

您可以尝试的快速解决方法是：

regions = measure.regionprops(image.astype(int))

但您应该重新考虑创建image的方式。你为什么用img_as_bool()？

TypeError：标签图像必须是整数类型

1 个答案: