Question

我的目标是使用lapply或类似的mapply传递列表作为函数geom_point2的参数。在类似的情况下，我成功地将一个列表（或列表）传递给geom_cladelabel，如：

mapply(function (x,y,z,w,v,u,t,s) geom_cladelabel(node=x, label=y,
align=F, etc. # Where x y z etc are lists.

问题与在geom_point2中使用aes有关。（不在geom_cladelabel中）：

对于geom_point2，节点信息在aes内，我无法做到。通常我没有收到任何错误消息，但它不起作用。

目标是让这个例子有效，但是使用mapply而不是两次写geom_point2。

# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("ggtree")
library(ggtree)
library(ape)
#standard code
newstree<-rtree(10)
node1<-getMRCA(newstree,c(1,2))
node2<-getMRCA(newstree,c(3,4))
ggtree(newstree)+ 
geom_point2(aes(subset=(node ==node1) ), fill="black", size=3, shape=23)+
geom_point2(aes(subset=(node ==node2) ), fill="green", size=3, shape=23)

#desire to substitute the geom_point2 layers with mapply or lapply:
#lapply(c(node1,node2), function (x) geom_point2(aes(subset=(node=x)))))

here

Answer 1

这是一个调用geom_point2 usig mapply的解决方案：

library(ggtree)
ggtree(rtree(10)) + 
  mapply(function(x, y, z) 
    geom_point2(
      aes_string(subset=paste("node ==", x)), 
      fill=y, 
      size=10, 
      shape=z
    ), 
    x=c(11,12), 
    y=c("green", "firebrick"), 
    z=c(23,24)
  ) +
  geom_text2(aes(subset=!isTip, label=node))

解决方案位于aes_string()，它将x的值直接写入美学。默认aes()不传递x的值，而只传递字符串"x"。在绘图时，ggtree然后查找名为“x”的节点，并以空节点列表结束。我想这与存储在mapply - 环境中的变量有关，而不是传递给绘图。

PS：很抱歉我早些时候用do.call（）快速回答。这很有用，但在这里偏离主题。

使用mapply将参数传递给geom_point2

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