在Ipython shell中更新Biopython

Question

python newbie在这里，今天我将biopython更新到v1.70。我的大多数工作都使用spyder / IPython shell。如果它有任何意义，biopython的版本似乎在python控制台（spyder）和Windows命令终端python安装更新，但IPython控制台仍然显示旧版本。是否应单独更新，如果是，则如何更新。谢谢你的回答。

Answer 1

对于Windows上的Anaconda，不建议使用命令提示符（在“开始”菜单中键入cmd或单击命令提示符时获得的内容） ¹ 自最新版本（2017年5月）以来。

相反，请使用 Anaconda Prompt 或图形 Anaconda Navigator （均位于“开始”菜单中的 Anaconda 文件夹下）。您应该使用它们来安装软件包，以及运行应用程序（例如Spyder，IPython）。

另外，我建议您使用conda来安装软件包。 conda是Anaconda的本地程序包管理器，它比pip更好地管理依赖项（运行其他程序包所需的程序包）。

所以，你可以尝试的是：

开始 - ＆gt; Anaconda提示，然后

conda install biopython
ipython

在撰写本文时，官方conda存储库包含biopython 1.6.9。如果您确实需要1.7.0，请使用conda install -c conda-forge biopython（conda-forge是由社区维护的备用软件包存储库。）

^[1] 请参阅Anaconda 4.4.0上的第2个子弹release notes。