python：在生物网络上使用networkX进行有向边缘

Question

正如标题所说，我使用networkX来表示Python中的一些单元网络。 网络位于这篇文章的底部，因为它是一个大图像。

我这样做的原因是因为有些节点被认为是＆＃34;输入＆＃34;有些将被视为＆＃34;输出＆＃34;，我需要能够计算每个节点参与的信号路径的数量（从输入到输出的路径的数量）。但是，我没有＆＃39;我认为networkX提供边缘方向性，我认为这是计算节点信号路径所必需的。

是否有人知道是否可以在networkX中为边缘添加方向，或者是否可以计算没有方向性的信号路径？

这是我编写的代码，直到我意识到我需要方向边缘：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G=nx.Graph()
molecules = ["CD40L", "CD40", "NF-kB", "XBP1", "Pax5", "Bach2", "Irf4", "IL-4", 
"IL-4R", "STAT6", "AID", "Blimp1", "Bcl6", "ERK", "BCR", "STAT3", "Ag", "STAT5", 
"IL-21R", "IL-21", "IL-2", "IL-2R"]
Bcl6_edges = [("Bcl6", "Bcl6"), ("Bcl6", "Blimp1"), ("Bcl6", "Irf4")]
STAT5_edges = [("STAT5", "Bcl6")]
edges = Bcl6_edges + STAT5_edges
G.add_nodes_from(molecules)
G.add_edges_from(edges)

Answer 1

尝试使用G = nx.DiGraph()作为有向图。