将摘要信息添加到使用ggplot创建的密度图中

Question

我有一个密度图，我想添加一些摘要信息，例如在中位数放置一条线并遮蔽90％可信区间（第5和第95分位数）。有没有办法在ggplot中这样做？

这是我想总结的情节类型：

我可以弄清楚如何从y = 0到y =密度（中位数（x））绘制一条线，但是我不清楚我是否可以用90％CI对阴影进行着色。或者，我可以在密度图上方添加一个水平箱图，但不清楚如何自动旋转箱图，而不用随之旋转密度图。

x <- as.vector(rnorm(10000))
d <- as.data.frame(x=x)
library(ggplot2)
ggplot(data = d) + theme_bw() + 
  geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = 'black')

Answer 1

您可以使用geom_area（）函数。首先使用density（）函数显示密度。

x <- as.vector(rnorm(10000))
d <- as.data.frame(x=x)
library(ggplot2)
p <- ggplot(data = d) + theme_bw() + 
  geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = 'black')
# new code is below
q5 <- quantile(x,.05)
q95 <- quantile(x,.95)
medx <- median(x)
x.dens <- density(x)
df.dens <- data.frame(x = x.dens$x, y = x.dens$y)
p + geom_area(data = subset(df.dens, x >= q5 & x <= q95), 
              aes(x=x,y=y), fill = 'blue') +
    geom_vline(xintercept = medx)

Answer 2

我想在@Prasad Chalasani的回答中为那些想要添加所有3个标准区域的人提供答案。 1 Std是最暗的阴影，2 Std是中间阴影，3 Std是最亮的阴影。平均值是黑线，中位数是白线。

set.seed(501) # Make random sample reproducible
x <- as.vector(rnorm(100))
d <- as.data.frame(x=x)
library(ggplot2)

p <- ggplot(data=d) +
     theme_bw() + 
     geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = '#619CFF')

# new code is below
q15.9 <- quantile(x, .159) # 1 Std 68.2%
q84.1 <- quantile(x, .841)
q2.3  <- quantile(x, .023) # 2 Std 95.4%
q97.7 <- quantile(x, .977)
q0.01 <- quantile(x, .001) # 3 Std 99.8%
q99.9 <- quantile(x, .999)
meanx <- mean(x)
medx  <- median(x)
x.dens  <- density(x)
df.dens <- data.frame(x=x.dens$x, y=x.dens$y)

p + geom_area(data = subset(df.dens, x >= q15.9 & x <= q84.1), # 1 Std 68.2%
              aes(x=x,y=y), fill='#619CFF', alpha=0.8) +
    geom_area(data = subset(df.dens, x >= q2.3 & x <= q97.7), # 2 Std 95.4%
              aes(x=x,y=y), fill='#619CFF', alpha=0.6) +
    geom_area(data = subset(df.dens, x >= q0.01 & x <= q99.9), # 3 Std 99.8%
              aes(x=x,y=y), fill='#619CFF', alpha=0.3) +
    geom_vline(xintercept=meanx) +
    geom_vline(xintercept=medx, color='#FFFFFF')

Answer 3

这（也）在中位数处做垂直线：

ggplot(data = d) + theme_bw() + 
   geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = 'black') + 
   geom_line(aes(x=median(x), y=c(0,.4) ) )