Question

如何打印第一次出现的蛋白质序列？对于这个查询，我得到四个结果，我只想要第一个。

use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;

$query     = "LEGK";
$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(
    -db    => 'protein',
    -query => $query
);

$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;

$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query( $query_obj );

while ( $seq_obj = $stream_obj->next_seq ) {

    # do something with the sequence object
    print
        ">$query", ' ',
        $seq_obj->display_id, ' ',
        $seq_obj->desc, "\n",
        $seq_obj->seq[, '\n';

while循环应该如下所示

while ( $seq_obj = $stream_obj->next_seq ) {

    # do something with the sequence object
    print $seq_obj->display_id, "\t", $seq_obj->length, "\n";
}

Answer 1

我看到你的代码片段的主要问题是它无法编译。将$seq_obj->seq[,'\n'放在所有perl程序的开头。这将提醒您语法错误。

我对生物学知之甚少，但是，你正在迭代序列对象，然后用()进行一个相当奇怪的调用

首先，要调用函数，请使用[]，而不是[]，seq表示对数组的引用。其次，'\n'似乎用于设置或获取序列值，我不知道while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) { print join(' ', $seq_obj->display_id, $seq_obj->desc)."\n"; # or use 'say' print $seq_obj->seq() . "\n"; }将如何成为有效值。

所以

my $first_seq_obj = $stream_obj->next_seq;
print join(' ', $first_seq_obj->display_id, $first_seq_obj->desc)."\n"; # or use 'say'
print $first_seq_obj->seq() . "\n";

应打印所有序列。要获得第一个，只需不要遍历所有结果（这就是我理解你的问题）：

将while（）{}替换为：

public interface IList<T> : ICollection<T>, IEnumerable<T>, IEnumerable
{..}

public class List<T> : IList<T>, ICollection<T>, IEnumerable<T>, IEnumerable, IList, ICollection, IReadOnlyList<T>, IReadOnlyCollection<T>
{...}

如何为每次迭代打印搜索序列的第一个结果？

1 个答案: