Question

我想通过包igraph在Python中构建一个图形，我可以添加顶点，但是当我添加边缘时，有一个问题我不知道如何修复。我打印上面的顶点和边缘。

g = ig.Graph()
g.add_vertices(dfset)
g.add_edges(edges)

InternalError：type_indexededgelist.c时出错：272：无法添加边，无效的顶点id

print(dfset)= [1437218112, 1710990122, 1346433521, 1750346227, 1487721718, 1528123965]

print(edges) = [(1346433521, 1437218112),
 (1528123965, 1710990122),
 (1528123965, 1750346227),
 (1710990122, 1750346227),
 (1750346227, 1346433521),
 (1750346227, 1437218112),
 (1750346227, 1487721718)]

InternalError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-75-82114955e940> in <module>()
----> 1 g.add_edges(edges)

/software/python/2.7.10/b1/lib/python2.7/site-packages/igraph/__init__.pyc in add_edges(self, es)
    253           endpoints. Vertices are enumerated from zero.
    254         """
--> 255         return GraphBase.add_edges(self, es)
    256 
    257     def add_vertex(self, name=None, **kwds):

InternalError: Error at type_indexededgelist.c:272: cannot add edges, Invalid vertex id

Answer 1

堆栈跟踪中的一行显示：

Vertices are enumerated from zero

因此，请确保您使用任意整数添加边的方法正常工作（例如在networkx中，可以使用任何可哈希的东西）。

似乎（对我而言），您需要自己进行映射（例如简单的dict;或者使用文档中提到的库中的属性支持），以便调用add_edges()函数的值仅为range(0,n_vertices)！

docs的小摘录：

igraph在其核心中使用顶点和边缘ID。这些ID是整数，从零开始，并且在图的生命周期内，它们在任何给定的时间实例上始终是连续的。这意味着每当删除顶点和边时，将重新编号大量的边和可能的顶点ID以确保连续性。

Answer 2

sascha的答案涵盖了大部分内容。一些可能有用的其他信息：

来自文档：

add_vertices(n) source code Adds some vertices to the graph. Parameters: n - the number of vertices to be added, or the name of a single vertex to be added, or an iterable of strings, each corresponding to the name of a vertex to be added. Names will be assigned to the name vertex attribute. Overrides: GraphBase.add_vertices

igraph将顶点和边存储为直线阵列。顶点和边缘ID是它们在该数组中的偏移量;这就是所有索引的完成方式。

与networkx不同，当您添加ID列表时，它们会转换为字符串，并放入几个新顶点的name属性，该顶点应为0到5.边缘必须使用实际的顶点ID，不是用户指定的属性。

python igraph无法添加边缘

2 个答案: