Question

我有8个选项，这些选项是运行脚本所必需的。但是，我无法在第一个参数后传递选项值。能告诉我这里我做错了吗？

 #!/usr/bin/env bash
    usage() { echo "Usage: $0 -f sample_R1.fastq -r sample_R2.fastq -hrp HISAT2_REFERENCE_PATH -g GTF_file -sp KNOWN_SPLICE_FILE -b BOWTIE2_REFERENCE.fasta -rsem_path RSEM_REFERENCE -out_path OUTPUT_PATH -h help" 1>&2; exit 1; }

while getopts ":f:r:hrp:g:s:b:rsem_path:out_path:h" opt; do
    case "${opt}" in
        f) f="$OPTARG"; shift ;; # sample_R1.fastq 
        r) r="$OPTARG"; shift ;; # sample_R2_fastq
        hrp) hrp="$OPTARG"; shift ;;    # HISAT2_REFERENCE_PATH
        g) g="$OPTARG"; shift ;;        # GTF_file
        sp) sp="$OPTARG"; shift ;; # KNOWN_SPLICE_FILE
        b) b="$OPTARG"; shift ;;        # BOWTIE2_REFERENCE
        rsem_path) rsem_path="$OPTARG"; shift ;; #RSEM Reference path
        out_path) out_path="$OPTARG"; shift ;; #Results output path
        h | *) usage ; exit;;
    esac
done

echo "f = ${f}"
echo "r = ${r}"
echo "hrp = ${hrp}"
echo "g = ${g}"
echo "sp = ${sp}"
echo "b = ${b}"
echo "rsem_path = ${rsem_path}"
echo "out_path = ${out_path}"

结果

f = ./test_data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq
r = 
hrp = 
g = 
sp = 
b = 
rsem_path = 
out_path =

Answer 1

这里有很多问题：

getopts仅提供单字母选项，并会将-hrp视为-h -r -p的简写（就像ls -la是ls -l -a的缩写}）。长选项有一种半标准格式（以双短划线开头，例如ls --color），但getopts不支持此选项。
getopts将选项变量（在这种情况下为opt）设置为 not 选项，包括-，因此您的案例应该如下所示例如f)代替-f)。
请勿在{{1}}循环中间使用shift。 getopts跟踪它在参数列表中的位置，如果参数列表在它处理时被移动......事情变得非常困惑。相反，在循环之后使用getopts来摆脱已经处理的所有选项。
您实际上并未捕获选项值。也就是说，在解析shift $((OPTIND-1))时，-f sample_R1.fastq会将OPTARG设置为“sample_R1.fastq”但您忽略它并将getopts设置为字符串“true”。
最后，您使用“：”启动了选项字符串，告诉f它不应该报告错误，因为您将采用相应的，但您不会。此外，即使没有“：”，如果getopts看到一个不在列表中的选项，它也会运行getopts设置为“？”的循环，所以你应该检查一下并在这种情况下给出使用信息。

以下是我对更正版本的看法：

opt

请注意，如果您想在省略某些选项时给出错误消息，则需要检查是否已设置所有这些变量。像#!/usr/bin/env bash usage() { echo "Usage: $0 -f sample_R1.fastq -r sample_R2.fastq -H HISAT2_REFERENCE_PATH -g GTF_file -s KNOWN_SPLICE_FILE -b BOWTIE2_REFERENCE.fasta -R RSEM_REFERENCE -o OUTPUT_PATH [-h]" 1>&2; exit 1; } while getopts "f:r:H:g:s:b:R:o:h" opt; do case "${opt}" in f) f="$OPTARG" ;; # sample_R1.fastq r) r="$OPTARG" ;; # sample_R2_fastq H) hrp="$OPTARG" ;; # HISAT2_REFERENCE_PATH g) g="$OPTARG" ;; # GTF_file s) sp="$OPTARG" ;; # KNOWN_SPLICE_FILE b) b="$OPTARG" ;; # BOWTIE2_REFERENCE R) rsem_path="$OPTARG" ;; #RSEM Reference path o) out_path="$OPTARG" ;; #Results output path h | [?]) usage ; exit;; esac done shift $((OPTIND-1)) echo "f = ${f}" echo "r = ${r}" echo "hrp = ${hrp}" echo "g = ${g}" echo "sp = ${sp}" echo "b = ${b}" echo "rsem_path = ${rsem_path}" echo "out_path = ${out_path}" ...

这样的东西

Answer 2

你不需要＆＃34; - ＆＃34;在case语句中，所以-f应该是f-r r等。

getopts用于运行脚本的强制选项

2 个答案: