Question

我的服务器上有一个名为index.Rmd的简单Rmarkdown，它是一台带有最新Rstudio和闪亮服务器的Ubuntu服务器机器。当使用RStudio Server按钮＆＃34;编织＆＃34;编织时，一切都很顺利。打开一个窗口，显示报告。

然后，用户尝试使用浏览器访问“报告”，并显示红色字母的消息：

An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification.

检查Shiny-server错误日志：

processing file: index.Rmd
Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library'
(as 'lib' is unspecified)
Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library'
(as 'lib' is unspecified)
Warning in install.packages("BiocInstaller", repos = a["BioCsoft", "URL"]) :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Quitting from lines 20-55 (index.Rmd)
Warning: Error in install.packages: unable to install packages
Stack trace (innermost first):
    135: install.packages

第20-55行之间提到的包是magrittr，RDocumentation和tidyverse，所以我打开一个带有putty的R终端对服务器并写道：

install.packages(c("magrittr","RDocumentation","tidyverse"))

安装好了。没错。再次打开浏览器。但同样的错误出现了。所以我再次以root身份安装了软件包（无济于事）。

检查是否生成了HTML文件，令我惊讶的是，有一个名为index.html的html文件。如果我将浏览器指向index.html报告工作正常并在浏览器上重新登录。!!!它是一个简单的报告，不需要交互，因此我使用Rmd文件而不是Shiny文件。我在其他文件夹中有一些其他Rmd报告正常工作，所以我确定我的服务器工作正常。

作为一种解决方法，我已指示用户打开html而不是Rmd，但拥有Rmd文件的目的是在数据更改时获取更新报告。否则我首先使用了html。

无法理解发生了什么。有什么建议吗？

编织引发错误，但html呈现正常

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