如果所有分支具有相同的值，则从植树中移除叶子

Question

我正在使用MATLAB生成'phytrees'，我需要简化它们。

我想的方法是删除所有节点具有相同值的子树，并仅保留此值+表示删除了多少节点的数字。

例如，这是其中一棵树：

我希望替换具有相同值的子树，如下所示：

有办法吗？

Answer 1

我没有找到一种程序化的方法，但是从你附上的图片中我看到你使用plot来查看你的数字。相反，如果您使用phytreeviewer（只需键入view(your_phylotree)），您将获得一个不同的图形窗口，以及其他相关工具。

具体来说，您会看到折叠分支按钮，以及重命名分支按钮，它们将让您完全相同你想要什么。第一个“删除子树”（实际上隐藏它们），第二个允许您将分支名称更改为“ value + a number ”。

只需右键单击相关的早午餐，即可完成所有这些操作：

以下是来自docs的数据的示例：

% bulding some tree:
seqs = fastaread('pf00002.fa');
distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');
phylotree = seqneighjoin(distances,'equivar',seqs);
view(phylotree)

在这棵树上进行了一些折叠和重命名，并将其打印成图形（右键单击最顶部的分支，或者想要包含在图中的根），我得到了：

另外，请注意，每次将鼠标悬停在树枝上时（即使折叠），您都会获得该分支中的Leafs列表及其计数：