我很难理解为什么ggplot
和plot
会产生略微不同的相同数据图。 ggplot
包含inf值,而plot
则不包括。
with(geneFDR, plot(log2(FC), -log10(FDR), pch=20, main="FDR vs. Real FC",
col=geneFDR$FDRColor))
ggplot(data=geneFDR, aes(x=log2(FC), y=-log10(FDR), color=FDRFCthreshold)) +
geom_point(alpha=0.4, size=1.75) +
ggtitle("FDR vs. Real Fold Change") +
xlab("log2 Real Fold Change") + ylab("-log10(FDR)")
inf值的来源:
min(geneFDR$FDR)
[1] 0
max(geneFDR$FDR)
[1] 0.009883703
min(-log10(geneFDR$FDR))
[1] 2.00508
max(-log10(geneFDR$FDR))
[1] Inf
默认plot
函数处理inf值的方式与ggplot
不同?
答案 0 :(得分:1)
尝试
scale_y_continuous(oob=scales::discard)