Question

我为奇怪的语法道歉，我现在正在学习编程。我有一个100列和5304行的df。我需要使用第5个数字列或参考列在94个最后一个数字列（6：ncol（df））上执行单独的双面ks.tests：

r<-df$rank.

我还希望将pvalues存储在矩阵中。根据我的理解，我可以使用＆＃39; for循环＆＃39;或者＆＃39;申请＆＃39;功能。我有一个简单的代码，只输出一个统计摘要（似乎它覆盖了结果）：

for (i in 6:ncol(df))
y<-df[,i]
ks.test(r,y)->K
> K

Two-sample Kolmogorov-Smirnov test

data:  r and y
D = 0.71983, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: two-sided

我尝试了很多这种变化以及使用lapply错误。任何关于为什么＆＃34; K＆＃34;不应该返回多个值或将输出分配给矩阵？谢谢。

编辑：样本数据集

probe set   symbol  zscore  rank X1   X4 X13 X15 ....N (N=100)
22133-x_at  SP110   4.73635   1  400  14  5  1000
.                             2  5    430 56 150
.                             3  24   78  23 9000
...N
(N=5304)

Answer 1

考虑sapply返回ks.test 统计和 p.value 的矩阵：

# RANDOM DATA TO DEMONSTRATE
set.seed(147)
df <- data.frame(id1 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE),
                 id2 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE),
                 id3 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE),
                 id4 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE),
                 setNames(lapply(5:100, function(i) rnorm(5304)),
                          paste0("Col", 5:100)))

r <- df[,5]
res <- sapply(df[,6:100], function(y) {
  ks <- ks.test(r, y)
  c(statistic=ks$statistic, p.value=ks$p.value)
  setNames(c(ks$statistic, ks$p.value), c("statistic", "p.value"))
})

# PRINT FIRST FIVE COLS
res[,1:5]
#                 Col6       Col7       Col8      Col9      Col10
# statistic 0.02111614 0.01338612 0.01074661 0.0224359 0.01677979
# p.value   0.18774138 0.72887906 0.91933648 0.1384762 0.44412866

R：循环在存储在矩阵中的数据帧上执行ks测试

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