Question

我需要在HPC群集中执行Python脚本。不幸的是，默认的python版本只有2.6.6而且没有numpy和scipy。

我可以在命令行中加载这些模块

#module load /home/hw1u16/modules/2.7.3

和

module load /home/hw1u16/modules/1.6.2

但是，当我像这样编写bash脚本时

module load /home/hw1u16/modules/2.7.3
module load /home/hw1u16/modules/1.6.2
python /home/hw1u16/project/trainAgent.py

警告我

ModuleCmd_Load.c(200):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for '/home/hw1u16/modules' ModuleCmd_Load.c(200):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for '/home/hw1u16/modules' 我不知道什么是错的，任何人都可以帮助我吗？

Answer 1

好的，我想我知道问题出在哪里。从shell中试用type module，了解系统中当前如何module。您将收到两个选项：它是别名还是函数。这是因为module命令是alias或shell function。

假设您的脚本是以下running.sh：

#!/bin/bash  
module load python/2.7.3
python /home/hw1u16/project/trainAgent.py

（添加shebang是一个好习惯）

要解决此问题，您有两种选择：

选项1：

source scitpt。换句话说，执行：source running.sh。这与直接在交互式shell中键入module命令完全相同。但是，通过执行./running.sh，您将运行一个新的非交互式shell。这些通常没有设置标准别名和shell函数。

选项2：

从脚本中找到定义module命令和source命令的初始化脚本

Answer 2

我遇到了类似的问题，并找到了两种解决方案：

您可以使用sh yourscript.sh来运行脚本，而不用./yourscript.sh或. yourscript.sh来运行脚本，这将正确地获取模块并运行脚本
如果您不想使用. yourscript.sh，则可以按照DavidC的答案中的说明，将{@ {1}}的shebang修改为#!/bin/sh，并以{{1 }}请注意，以#!/bin/bash的身份运行将无法正常工作

linux bash脚本中的module load命令

2 个答案: