Question

我想读取多个SST netcdf文件，并从每个文件中提取所选lat，lon范围内的SST数据，然后将这些数据存储在三维熊猫数据帧中。在读取之后关闭每个netcdf以节省内存。

我想以一年的每日数据数据框结束。

我已经使用NetCDF4读取了一个文件并存储了每个变量，但这是我所拥有的。

my_file = 'C:/Users/lisa/Desktop/Sean/20160719000127-UoS-L2i-SSTskin-ISAR_002-D054_PtA-v01.0-fv01.5.nc'
fh = netCDF4.Dataset(my_file, mode='r')
lon = fh.variables['lon'][:]
lat = fh.variables['lat'][:]
time = fh.variables['time'][:]
sst = fh.variables['sea_surface_temperature'][:]

数据来自以下地址的2016年OPeNDAP。

http://www.ifremer.fr/opendap/cerdap1/ghrsst/l4/saf/odyssea-nrt/data/

任何帮助都将非常感谢!!

Answer 1

Pandas.DataFrame以这种方式不支持三维数据。这个用例正是xarray开发的原因。

要执行您在xarray中尝试做的事情：

import xarray as xr

ds = xr.open_mfdataset(['file1.nc', 'file2.nc', 'file3.nc'])

这会将您的文件连接在一起并将其全部放在一个xarray.Dataset中。将1d或2d数据输入Pandas非常容易

ds.sel(lat=36.0, lon=42.5).to_dataframe()

Answer 2

我建议使用CDO进行预处理，例如：

transaction.atomic()

您的系统上可能有一个打开的文件限制（256），在这种情况下，您需要将mergetime命令拆分为几个月的循环，提取该区域，然后在12个月的文件上执行最后的合并时间。端。

将多个.nc文件读入3D pandas数据帧python

2 个答案: