在绘图时,闪亮的应用程序在Studio / Shiny服务器上崩溃

时间:2017-07-19 07:45:21

标签: r ggplot2 shiny-server rstudio-server

我正在尝试设置闪亮的服务器和RStudio服务器以在EC2(AWS,Ubuntu16)上运行。这非常有效,直到我想部署我自己的闪亮应用程序。我在本地开发了这个应用程序,它也在shinyapps.io上完美运行!

它通常在闪亮的服务器中加载,我可以访问它,按下一些按钮,移动一些滑块但是如果我上传文件,闪亮的应用程序开始计算,我看到一些值改变但是当涉及到绘图时只是断开连接。 / p>

然后我尝试用RStudio Server查看它是否在那里工作,但它没有。它正常工作,直到它有一些东西(我使用ggplot2)。例如,应用程序中有一些功能可以组合几个.csv文件,并且照常执行此操作!

现在这个部分让我完全糊涂了:我接着尝试运行我的常规R脚本(我从中派生了应用程序,所以它的功能与脚本相同),这完全没问题!之后我尝试再次运行应用程序,它也工作了!当我清理环境(包括隐藏文件)时甚至会这样做!但是,如果我重新启动R会话,它就没有了。

我试图缩小我常规R脚本的部分内容,这些内容是之后运行的闪亮应用程序所需要的。看起来如果我在剧本中绘制一个情节并且显示()它,那么Shiny应用程序也会起作用!所以我猜这可能是一个图形问题?

在应用程序中,我将图形放在一个被动({})中,然后渲染图:

output$mappingplot <- renderPlot({ plot <- well_plots() show(plot) })

我刚刚将RStudio,Shiny Server和R更新到最新版本。 这是shiny-server.log的一部分:

^[[32m[2017-07-18 15:58:01.308] [INFO] shiny-server - ^[[39mStarting listener on 127.0.0.1:3838
^[[32m[2017-07-18 15:58:40.420] [INFO] shiny-server - ^[[39mCreated bookmark state directory: /var/lib/shiny-server/bookmarks
^[[32m[2017-07-18 15:58:40.429] [INFO] shiny-server - ^[[39mCreated user bookmark state directory: /var/lib/shiny-server/bookmar$
^[[32m[2017-07-18 16:23:44.179] [INFO] shiny-server - ^[[39mStopping listener on 127.0.0.1:3838
^[[32m[2017-07-18 16:23:44.181] [INFO] shiny-server - ^[[39mShutting down worker processes (with notification)
^[[32m[2017-07-18 16:24:22.459] [INFO] shiny-server - ^[[39mShiny Server v1.5.3.838 (Node.js v6.10.0)
^[[32m[2017-07-18 16:24:22.463] [INFO] shiny-server - ^[[39mUsing pidfile /var/run/shiny-server.pid
^[[32m[2017-07-18 16:24:22.465] [INFO] shiny-server - ^[[39mUsing config file "/etc/shiny-server/shiny-server.conf"
^[[33m[2017-07-18 16:24:22.518] [WARN] shiny-server - ^[[39mRunning as root unnecessarily is a security risk! You could be runni$
^[[32m[2017-07-18 16:24:22.522] [INFO] shiny-server - ^[[39mStarting listener on 127.0.0.1:3838

这是闪亮应用中的最后一个错误:

Listening on http://127.0.0.1:43057

Attaching package: ‘shinydashboard’

The following object is masked from ‘package:graphics’:

    box

Loading required package: XLConnectJars
XLConnect 0.2-13 by Mirai Solutions GmbH [aut],
  Martin Studer [cre],
  The Apache Software Foundation [ctb, cph] (Apache POI),
  Graph Builder [ctb, cph] (Curvesapi Java library)
http://www.mirai-solutions.com ,
http://miraisolutions.wordpress.com
-su: line 1:  2014 Segmentation fault      (core dumped) R --no-save --slave -f \/opt\/shiny-server\/R\/SockJSAdapter\.R

我已经搜索了很多但是没有找到与我的绘图相关的Segmentation故障。我不知道错误是什么!

如果需要,我也可以上传应用程序的代码,但它很长(我觉得非常混乱)

提前感谢您的帮助!!

编辑: 我创建了一个最小的示例并将其上传到github:https://github.com/vektorious/test_app

如果我在新的R会话中首先运行应用程序,它会崩溃。如果我首先运行测试脚本然后运行应用程序..

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